Lumière ! ... et ombre

#71 - mardi

2010-06-29T11:43:00.000-07:00

Aujourd'hui, j'ai assisté à la présentation sans fin et sans queue ni tête d'une collègue.

Aujourd'hui, j'ai fait quelques manips.

Aujourd'hui, j'ai écouté sans broncher les remontrances injustifiées d'une collègue en colère ("Mais faut pas que tu le prennes pour toi, hein").

Aujourd'hui, j'ai réconforté pendant une demi-heure les pleurs de ma stagiaire qui a aussi subi les foudres de la collègue en colère.

Aujourd'hui, j'ai dû ravaler ma colère et faire comme si de rien n'était pour avoir une réunion constructive avec mon chef.

Aujourd'hui, j'ai fait la langue de pute avec mes autres collègues, parce que la collègue en colère, là, elle commence à nous saouler.

Aujourd'hui, j'ai fini par rentrer chez moi parce que trop d'émotions.

Rien qu'une journée ordinaire, donc.

#70 - Changement d'échéance

2010-06-23T10:06:00.001-07:00

Fini les recherches à l'aveugle (on arrête la pêche à la mouche donc) et on se concentre sur ce qu'on sait et ce qu'on maîtrise. Moi, ça m'arrange. je n'aimais pas trop passer autant de temps à mettre au point des protocoles. Là, maintenant, on parle en mois, à compter sur les doigts d'une seule main. Mettre un petit coup d'accélérateur aux analyses et à la rédaction.

Hop. Grâce à ma formation et au temps consacré au projet par mon petit collaborateur thésard, nous voici un mois plus tard avec les images prêtes à être analysées. C'est beau, c'est coloré, ça bouge tellement que ça donne mal au crâne.

Je vais donc loucher sur ces images au cours des prochains jours. Essayer d'en tirer quelque chose de percutant. Tout en continuant les autres projets, bien sûr. C'est qu'il n'y a pas de temps à perdre !

#69 - Geekette

2010-06-03T03:52:00.000-07:00

Un peu la flemme d’écrire ces dernier temps. Enfin, ce n’est pas complètement vrai puisque je suis allée m’attirer les foudres au c@fé.
En ce qui concerne mon quotidien laboratoresque, du nouveau et du lassant. Same old, same old, comme ils disent ici. Je mets mes plantes sous la caméra, je les fais mourir, beaucoup, sous la pression des drogues. Cette semaine, le chef revient d’un congrès et m’annonce que d’autres équipes se penchent sur des approches similaires à mon travail. Damn.
Du coup, l’échéance vient de changer. Nous n’avons plus autant de temps que prévu. Il faut travailler pour publier. C’est la fin des essais de drogue, je n’ai plus le luxe de prendre le temps de chercher des trucs à l’aveugle. On mise plutôt sur ce qu’on connait. Moi, ça m’arrange, je n’en pouvais plus de perdre un temps fou à mettre au point ces manips de drogue.
En parallèle, formation intensive à Cambridge. Pour pouvoir mieux analyser mes images. L’éclate totale. Et ça a tellement bien marché que j’ai mis 72 heures pour développer les algorithmes dont j’avais besoin. 48 heures de formation, pour tout réussir ensuite en 3 jours, je ne suis pas mécontente de moi. Mais du coup, je n’ai plus rien à programmer et ça me démange. Il ne fallait pas réveiller la geekette !

#68 - Dons d'organisation

2010-05-06T04:38:00.000-07:00

Aujourd’hui 11h. Je reçois un email de mon chef en panique.

Tu n’aurais pas des diapos de présentation du nouveau projet (que je ne t’ai toujours pas expliqué en quoi il consistait et que tu as tellement de boulot à côté que tu n’as pas vraiment eu le temps de t’y pencher non plus mais bon, ça, c’est accessoire) ? Je dois présenter tout ça dans une heure et je n’ai pas eu le temps de préparer ma présentation hier puisqu’on a eu la journée de gestion des données du labo (que le chef a lui-même organisé, ndt).

Hum. Comme il se doit, je suis moi aussi voir mes subordonnés (=la thésarde que je co-encadre vaguement) pour lui sous-tirer une diapo que j’ai modifiée en 3 minutes.

Superb

il a dit le chef ! En même temps, vue la demande qu’il m’a faite, il n’avait pas vraiment le luxe de critiquer, hein.

#67 - la croissance du monstre

2010-04-14T08:01:00.000-07:00

En rédaction à la maison aujourd'hui. Pas de manip, pas de collègue à qui parler, juste spotify, du thé vert, du soleil, les chats et mon manuscrit.

Et pendant ce temps-là, la pile de publis à lire grossit à vue d'oeil. Elle me fait tellement peur que j'essaie de la cacher pour ne pas y penser. Et aujourd'hui, j'ai découvert dans un coin une autre chemise remplie de "à lire" que j'avais soigneusement oubliée...

#66 - you made my day!!

2010-04-12T11:07:00.000-07:00

Alors on avait dit qu'on droguait mes plantes. Ok, ça commençait à faire un moment que je n'avais pas parlé sciences mais on va dire que le cerveau n'y était pas trop. Grâce à une cure intense de magnésium, je commence à reprendre goût aux exercices cérébraux, il était temps. Donc, la dernière lubie pour mes plantules, c'est de les cogner bien fort avec des substances nocives pour voir ce qu'il se passe. Totalement, à l'aveugle. On ne sait pas ce qu'on cherche.

Alors pour commencer, on fait une liste des voies de signalisation qui sont candidates pour le contrôle des phénomènes observés. Check.

Pas mal de biblio pour identifier les drogues existantes pour bloquer ces voies de signalisation. Check.

Visite des sites web des fournisseurs pour voir le prix des substances. Aïe. Hum, vu qu'on ne sait pas sur quoi miser, il faudrait toutes les tester, mais là, ça risque de coûter l'équivalent du PIB de la Grande Bretagne. Tout ça me fait mal au coeur mais il va falloir choisir quelle drogue on achète. Saperlipopette !

Le coeur en berne, je me lance dans la préparation du premier round de drogue (oui, celle-là, j'ai pu en piquer au labo d'à côté, le porte-monnaie est sauf). Elle est à diluer dans un produit que je vais chercher dans un autre labo. "Combien tu vas m'en prendre ? Non parce que j'en utilise des gallons pour diluer toutes les drogues qu'on est en train de tester"... What? Qu'entends-je de si doux à mes oreilles ? Et oui, toutes ces drogues sur lesquelles j'avais tiré un trait sont disponibles à deux pas, et gratos en plus ! Autant vous dire que j'ai passé l'après-midi avec un grand sourire sur les lèvres. Enfin, jusqu'à ce que je sois obligée de travailler sur P*w*er P*oint 2007 plus tard et que j'y perde toute mon énergie positive, mais c'est une autre histoire !

#65 - Anglaises forbidden

2010-03-23T04:41:00.000-07:00

Le climat écossais est favorable aux boucles. Mais il paraît que ça pourrait distraire le chef (dixit Enro), alors c'est lissage obligatoire ce matin avant ma réunion. Qui a dit discrimination contre les cheveux bouclés ?

#64 - Comme une grande

2010-03-17T05:00:00.000-07:00

Aujourd’hui, j’ai envoyé un email pour lancer une collaboration. Après une requête franchement vague du chef :
«- tiens, ça serait bien qu’on se lance dans *remplis ici avec le sujet de recherche qui n’a rien à voir avec ton labo de ton choix*. Alors comme je t’ai nommée chef de ma nouvelle sous-équipe *remplis ici avec un titre pompeux qui n’a rien à voir avec les travaux précédents de ton labo de ton choix*, je te mets sur le sujet. C’est parti ! »,
je me suis lancée.
J’ai lu plein de documents officiels, je suis allée à une conférence obscure dans une ville près de Londres mais en fait trop loin de Londres pour vraiment en profiter, je me suis concentrée longtemps pour essayer de comprendre un modèle qui s’est avéré vraiment trop rigide pour nos besoins. Plusieurs mois plus tard, je commence à me lasser de cette recherche sans but bien établi. Et puis, je tombe sur un article qui me paraît intéressant, très intéressant même. J’en parle au chef. Il est toujours un peu bloqué sur le précédent modèle mais j’essaie de lui faire comprendre que non, là, c’est mort, pas moyen. Limite je me mets à genoux parce que je ne peux plus voir ce modèle sans avoir des envies de meurtre. Finalement, le chef dit « Banco mais c’est toi qui les contacte ».
Ah, là, ma timidité et moi, on traîne un peu des pieds. Et comme la vérité sort de la bouche des étudiants, c’est ma stagiaire de Master qui met les pieds dans le plat hier soir en me demandant si j’ai déjà reçu une réponse des futurs collaborateurs. Ah… Euh… Ok, ok, je vais envoyer le mail. Dos au mur, j’envoie le mail. Assez court, sympa et ouvert à la collaboration. Affaire à suivre.

#63 - Y a des fois, je préfèrerais travailler en solo !

2010-03-16T10:08:00.000-07:00

Quand de petits éléments s’accumulent, ça peut mal tourner. Surtout quand on travaille en équipe, et qu’on partage du matériel.
Pour ma dernière cinétique, j’avais laissé la caméra montée sur le microscope, et les lumières autour de l’objectif. Dimanche, ma plante est morte, je la retire du microscope. Il me semble bien que quelqu’un a réservé la caméra pour lundi mais je ne peux pas la bouger toute seule, donc je la laisse là en espérant que d’autres membres du labo soient disponibles le lendemain pour la déplacer. Impossible aussi de me souvenir si mon successeur a besoin des lumières. Sous le poids de la fatigue, je choisis l’option facile et laisse tout en place. Surtout que je vais avoir à nouveau besoin de tout le dispositif jeudi. Dimanche, 19h30, je prélève mon 142ème et dernier échantillon. Je suis sur les rotules mais satisfaite.
Lundi, c’est le drame. Tout s’accumule à partir de mon omission de la veille.

Je prends ma journée pour rattraper mon manque de sommeil

Mon successeur, que nous appellerons J., va vérifier que la caméra et les lumières sont bien en place à la dernière minute. Et forcément, elles n’y sont pas.

J. demande à S. de l’aider à bouger le matériel mais S. est très occupée et n’a pas le temps.

J. demande mon numéro de téléphone à S. qui n’a en sa possession qu’un vieux numéro mais ne le sait pas.

J. appelle sur le numéro mais bien sûr, personne ne répond.

J. m’envoie un mail. Il est 15h, je viens de sortir.

Je reviens à 17h, il est trop tard pour faire quoique ce soit.

J’envoie un mail d’excuses à J. qui me dit qu’elle a pu déplacer la manip dans une autre pièce, c’est sauvé.

Tout ça pour dire que oui, j’ai fait une erreur, j’aurais dû (i) ne pas prendre de journée de repos (faut pas déconner, comment ça les post-docs peuvent être fatigués ????) ou (ii) prévenir mes collègues qu’il faudrait déplacer le matériel le matin.
Voilà, mon erreur a été de prendre une journée de repos après avoir travaillé 7 journées de 10h d’affilés et d’avoir oublié d’envoyer un email. Il n’y a pas eu mort d’homme, la manip a été sauvée et, pour ma part, je dois gérer des problèmes comme ça 2 fois par semaines sans engueuler personne. Et bien, malgré tout, ce matin, j’ai eu droit à des reproches froids et durs de S. que je soupçonne d’avoir accumulé beaucoup d’aigreur envers d’autres membres du laboratoire à qui elle n’ose pas faire de reproches (allez savoir pourquoi).
Je suis prête à assumer mes erreurs mais va falloir m’expliquer pourquoi j’ai aussi pris pour les autres, hein. La bonne poire, elle en a gros.

#62 - peur du noir

2010-03-14T11:14:00.000-07:00

Le ressenti varie vraiment selon les jours et les heures. Toutes les deux heures dans le noir complet, juste une faible lumière verte intermittante pour m’aider à remplir les tubes. La pièce noire vibre des bruits des incubateurs. La majeure partie du temps, je rentre et me déplace sans problème dans l’espace que je connais bien même sans y voir. Mais à quelques rares instants, il suffit d’un reflet de la lampe verte dans un coin de la pièce, une ombre un peu trop rapide et le cœur bat plus fort. Complètement irrationnel, bien sûr, mais l’ambiance apocalyptique esseulée qui règne dans le bâtiment n’aide pas vraiment.
Il me reste un échantillonnage, j’en vois le bout et je vais essayer de ne pas me faire peur toute seule !

#61 - Samedi

2010-03-13T05:23:00.000-08:00

Week-end au labo, échantillonnage toutes les 2 heures. Après une semaine éreintante, je me pose un peu ce samedi. Heureusement que BBC iplayer est là !

#60 - Papillon

2010-03-02T03:11:00.000-08:00

En rédaction intensive à la maison. Depuis plus de 3 mois, je me disperse, je papillonne, et en conséquence, je ne produis pas grand chose de concret mais quand je m'y mets, il faut que ça aille vite sinon je me lasse et je râle.

Pour ce papier que je me traîne comme un boulet, j'ai plutôt l'impression de ne pas en voir la fin, les feuilles sont badigeonnées de crayon, des phrases refaçonnées. Difficile parfois de relire le chef.

Et puis, il fait si beau, les chats réclament à manger. Je papillonne encore et toujours entre la cuisine, le salon, le bureau...

#59 - Optimiste experimental

2010-02-25T08:28:00.000-08:00

Si j’ai des déceptions du côté de la direction, les manips se sont décidées à marcher. Depuis deux jours, je teste le nouveau protocole. 24 plantes par image, ce qui représente presque du haut-débit en ce qui me concerne. Et bien, ça marche ! Je n’en reviens toujours pas, je passe devant l’ordi toutes les heures pour admirer les résultats, j’en parle à tout le monde. J’en deviens même assez optimiste. Les plantes sont vivantes, la caméra fait le point sur les feuilles, et les images sont super jolies. On va croiser les doigts pour que la mécanique (ordinateur, logiciel, caméra, cabinet de croissance, air conditionné) se comporte convenablement jusqu’à lundi.

#58 - Reporté

2010-02-23T05:20:00.001-08:00

Réunions annulées à la dernière minute, réunions reportées à la semaine d’après, réunions carrément oubliées. Pas facile de se motiver à bien faire son travail quand le chef s’en fout.

#57 - programme pour mars

2010-02-18T08:01:00.000-08:00

Je viens de passer ma journée à planifier mes prochaines semaines de manips. Alors, au vu de l’espace encore disponible sur mes colonnes de calendrier, je peux déjà annoncer que la semaine du 8 mars va décider de mon sort futur. En gros, soit je meurs d’épuisement pendant ces 7 jours, soit je sors victorieuse et rien ne pourra m’arrêter. Je reprends les prélèvements toutes les deux heures du mardi au dimanche, et par-dessus je me suis rajouté 3 autres manips (sinon, c’est sûr, je peux serais ennuyée). Donc, en mars, il y a aura du rouge sombre, des tubes à remplir dans le noir toutes les deux heures, de la lunette à vision nocturne (yeah ça faisait longtemps !!), de la mise en place de boites lumineuses, de la microscopie, des lames à préparer toutes les 20 minutes, du changement de conditions de lumière, de la préparation de sol et de boites de culture.
Et à la fin, je pars en vacances pour aller pouponner un peu, non mais.

#56 - Blackout

2010-02-11T09:30:00.000-08:00

Ce matin, en arrivant au labo, j'ai croisé quelques ouvriers en jaune et orange fluo qui creusaient un trou au pied de notre bâtiment. Rien de bien exceptionnel puisqu'un immeuble flambant neuf se dresse dans le coin et nous sommes habitués désormais à voir des traces de chantiers sur notre lieu de travail.

En rentrant du déjeuner que nous avions pris à l'autre bout du campus, nous sommes rentrées dans un bâtiment presque plongé dans le noir (je dis presque parce que le générateur de secours a marché pour nous et les veilleuses marquaient notre passage). Les ouvriers ont croisé un cable haute tension en creusant. Cable qui aurait dû se trouver deux mètres plus loin, mais c'est un détail. Bilan, la moitié du campus dans le noir, dont un immeuble avec un générateur de secours en panne, dûment vidé de ses occupants. Quand on travaille sur des organismes vivants, sur les effets de la lumière, et avec du matériel chatouilleux et excessivement cher une coupure de courant peut rapidement tourner au désastre.

Imaginez :

Les caméras, refroidies à -75°C par des bains marie à 15°C. Sans courant, les bains marie sont éteints (et pour simplifier les choses, ces mêmes bains marie se remettent à 0°C quand ils sont rallumés, entraînant de la condensation sur les tubes qui rentrent dans les caméras hors de prix, vous voyez l'idée ?), les caméras ne reçoivent plus le signal pour rester à 75°C. Donc non seulement les cinétiques sont stoppées, mais on risque de perdre les caméras si on ne réagit pas vite lorsque le courant est remis.
Les conditions de lumière et de température pour les plantes. Les plantules poussent dans des cabinets à conditions très contrôllées. Sans courant, plus rien, du noir (autant dire que pour les plantes qui sont censées ne voir que de la lumière...) et une température qui monte (ajoutez à ça l'air conditionné arrêté, il fait chaud dans les salles des machines).
Les machines de type PCR, qPCR, gels électrophorèse, robots...
Les congélateurs, -20°C et -80°C contenant tous les tissus, ARN, protéines, produits chimiques qui coûtent deux bras et unejambe.
Et bien sûr, plus d'ordinateurs ou de réseau. Sachant que plus de 50% du personnel travaille essentiellement sur ordi, c'est pas beau à voir.

Pour ma part, je m'étais fait une raison, mes manips en cours n'arriveraient pas à bout, mais pas de quoi se jeter par la fenêtre. La plupart des plantes préparées pour les futures manips étaient dans le frigo, donc pas encore sujettes à perturbation. Mais malheureusement, je ne peux pas en dire autant de tout le monde. Mauvaise ambiance...

Bon, il semble que les ouvriers aient fait du bon travail, le courant a été remis au bout de 2 heures, ne reste plusqu'à espérer que ça va tenir !

#55 - Grumpf

2010-02-08T05:52:00.001-08:00

Y a des semaines, comme ça, il faudrait qu’elles ne commencent jamais. Déjà, les manips remarchent (yeaaaaahhhhhh !) mais je n’ai même pas le temps d’en profiter puisque j’aborde une semaine marathon-réunions. 7 réunions prévues au compteur (j’en avais que 6 prévues ce matin, mais une nouvelle est venue s’ajouter tout à l’heure). La médaille pour demain mardi avec 3 réunions dans la journée.
Et quand est-ce que je vais trouver du temps pour faire des manips ou réfléchir un peu, faire de la science en bref ? La réponse est la semaine prochaine. Voilà.

#54 - du poil de la bête

2010-01-28T03:03:00.000-08:00

Les affaires reprennent. J’ai vaincu la caméra. J’ai vaincu (plus ou moins) l’absence de croissance de mes plantules. Ça marche ! Bon, ok, les plantes meurent encore un peu pendant les cinétiques mais il semble que ce que je voulais prouver soit effectivement en accord avec les résultats expérimentaux. Pas d’artefact dû à l’apport du marqueur de façon cyclique (c’est-a-dire que j’observe toujours la même chose que le marqueur soit dans le milieu nutritif ou non). Ça, c’est fait.

Evidemment, comme tout chef qui se respecte, le mien m’en a demandé encore plus. C’est toujours pareil, tu leur donnes un bout de doigt et il te demande le bras, voire les deux et la jambe en option. Jusqu’à présent, je pouvais réaliser une cinétique sur 8 plantes en même temps. Suite à une demande et une proposition du chef (il faut rendre à César, hein, le chef m’a servi sur un plateau la solution), je devrais pouvoir préparer 24 plantes à chaque fois. Comme dit une de mes collègues, cependant, il va falloir de la patience parce qu’imaginez que j’y passe une bonne heure pour préparer 8 plantes, pour 24, je vais y passer un sacré bout de temps ! Mais si on considère que ce nouveau protocole permet d’économiser du milieu, des lames et du matériel, il n’y a que du positif (à part que je vais m’arracher les cheveux pour tout mettre en place, mais ceci n’a pas de prix). La suite d’ici 3 semaines, donc.

Pour le moment, je suis repassée sous le microscope. La petite plantule (une des rescapée de l’hécatombe) est bien installée sous les lumières disco, on croise les doigts pour qu’elle nous donne de belles images dans les 3 prochains jours.

#53 - Des hauts, des bas

2010-01-21T08:13:00.000-08:00

C'est la déprime. J'estime le nombre de plantes moribondes à un tiers des plantes que j'ai préparées. Elles étaient déjà mal en point et pas assez développées. Quand je croyais que tout était prévu, plus rien ne pouvait aller mal. Hum. La cinétique est lancée. J'attends 48h avant regarder les images, peur de me porter la poisse. Du coup, je rédige à la maison, avec les chats sur les genoux. Je reconnais que la motivation n'est pas vraiment là. Malgré tout, j'essaie d'être optimiste. Si ce coup-ci ne marche pas, je retente samedi, j'en profiterai pour rédiger au labo, au calme et sans distraction.

#52 - Sites web

2010-01-19T02:38:00.000-08:00

Aujourd'hui, je rédige. J'ai enfin reçu les corrections du chef pour 2/3 du papier, avec un mois et demi de retard. Je lutte contre le froid de l'appartement (je porte deux sous-pulls chauds sous mon pull et j'ai toujours les pieds gelés). Mais surtout, je lutte contre mon envie de rafraichir la page web de l'INRA pour vérifier s'ils ont enfin reparé le site. Aujourd'hui, c'est l'ouverture des postes de chercheurs et le site est en maintenance depuis ce matin. La vérité, c'est que mon programme est de rester en Ecosse encore un an avant de revenir travailler en France. Mais on ne sait jamais, rien ne dit que le poste idéal ne va pas s'ouvrir cette année. Alors, je recharge fébrilement la page web toutes les 3 minutes. Forcément, ça diminue ma productivité. On peut même dire que ça l'annule. On n'a qu'à espérer que le site va remarcher bientôt sinon je ne vais rien faire de ma journée (à part le pub quizz ce soir).

#51 - Nouvelle année ?

2010-01-08T07:13:00.001-08:00

Pour info, en cette nouvelle année, je m’obstine à me confronter à des machines pour obtenir de beaux résultats. Et toujours pas. La poisse ne m’a pas quittée parce que nous avons changé d’année. Les photos prises par la caméra sont floues, il n’y a rien à faire. On a tout essayé. Envoi d’un email aux Japonais qui nous fournissent le matériel. On croise les doigts pour ne pas avoir à leur envoyer l’appareil pour réparation, sinon mon chef va devoir attendre un certain temps avant d’avoir ses images bling bling.

#50 - Hum

2009-12-16T05:39:00.001-08:00

Alors que je devrais être à la maison, en train de lire plusieurs rapports de la FAO sur la sécurité alimentaire (classe, hein ?), je suis bloquée au labo parce que ma poisse vient encore de faire son œuvre. Tout était prêt pour une nouvelle tentative : les plantes avaient le bon âge (bon je passe sur le fait qu’un court-circuit a bousillé une prise électrique super importante pour ma manip mais on a trouvé une solution temporaire, et aussi que mon chef m’a envoyée en congrès pile le jour de ladite manip), j’avais tout bien préparé pour qu’il n’y ait pas de sursaut de température.

Et c’est parti ! 40 minutes plus tard, je vais jeter un coup d’œil fébrile à ma première photo. Tiens, c’est flou. Bon, je vais faire un autre test pour voir s’il faut optimiser le focus. Non, tout va bien. M****, qu’est-ce qui se passe ? Je vais fureter dans la pièce. Mmmhh, le cabinet de croissance vibre pas mal,… Mmhhh, c’est pas bon signe… Du coup, là, je fais un test après avoir éteint le cabinet. Si c’est net, ça vient des vibrations dues au refroidissement du cabinet, et je ne vais pas vous cacher que ce n’est pas bon signe du tout !

#49 - No aper

2009-12-03T02:36:00.000-08:00

Chers lecteurs assidus,

j'étais pas là, j'avais piscine, enfin non, j'avais rédaction mais le résultat est le même. C'est le désert scientifique sur ce blog. j'aurais envie de rassurer tout le monde (moi y compris) en disant que ça va aller mieux mais je n'en suis pas particulièrement convaincue. Ne serait-ce que le fait que mon chef m'a complètement snobbé le rendu du manuscrit. Mais si, vous savez bien, la situation où vous êtes charette pendant 72 heures, à se coucher à 2h du mat pour rédiger ce foutu papier que votre chef vous a demandé pour le 1er décembre pétante ! Le jour-dit, me voilà les cernes aux yeux mais le papier fringant à la main. Hop, réunion annulée par le chef en question 40 minutes avant l'heure prévue. D'ailleurs, le chef est déjà parti. Et il ne sera pas là demain puisque c'est la journée où il travaille chez lui pour corriger un manuscrit (MON manuscrit d'ailleurs, d'après son emploi du temps en ligne). Hum. Si on considère qu'il m'a demandé une version papier pour gribouiller tout plein de rouge dessus, je ne vois pas bien comment je vais pouvoir lui rendre la liasse imprimée avant le lendemain s'il n'est plus là. Phoque, comme dirait Funnyface.

Et là, c'est l'illumination ! Je vais aller harceler sa femme ! ça lui apprendra à me pauser un lapin.

Avec le recul, toute cette gymnastique n'a pas servi à grand chose puisque j'ai reçu un mail ce matin qui me dit qu'il n'a pas eu le temps de jeter ne serait-ce qu'un coup d'oeil. D'ailleurs, il manque tellement de temps que le mail s'intitule "No aper". Alors soit il s'agit d'une expression écossaise que je ne connais pas et qui veut dire Pardon, pardon, de t'avoir déçu, je me flagellerai avec ton manuscrit pour n'avoir pas pris le temps de le corriger, comme je l'avais promis, soit il manque tellement de temps qu'il a économisé sur le temps pour taper un p à paper.

Bon, tout ça pour dire que la rédaction, ce n'est pas une route bordée de roses. Et c'est loin d'être fini pour celui-ci.

Côté manips, il y a eu comme un rayon de soleil la semaine dernière. Une plante sous le microscope, des images magnifiques. Et hop, le logiciel qui plante au bout de 24h, 5 minutes après ma dernière vérification et une fois que je suis partie du labo. Du coup, le lendemain, je me penche le sourire aux lèvres sur l'écran pour récupérer la suite de mes données du tonnerre. Tiens, un message d'erreur (fini le sourire aux lèvres). 18 heures de cinétique perdue et impossible de lancer la suite. Troisième manip qui plante. Aucun résultat utilisable depuis le 10 octobre. Tout ça commence à faire long. Vivement les vacances.

#48 - Jinxed, cursed, whatever

2009-11-18T02:35:00.000-08:00

Pas grand chose de neuf sur ce blog parce que pas grand chose du côté du labo. Il y a 3 semaines, j'ai déjà dû couper court à une manip parce que les machines ET l'air conditionné ont commencé à perdre la tête. Deux semaines plus tard, je relance une manip, un poil différente puisqu'on essaie de limiter les artefacts. Les plantes sont placées dans les mêmes conditions que celles utilisées pour l'imagerie, dans le but de garder une continuité tout au long de la vie des plantes. Je n'avais pas imaginé que l'intensité lumineuse serait trop faible pour les plantes. Au jour supposé de préparation, les plantes ne sont pas assez développées. Je négocie trois jours supplémentaires avec une collègue mais le lendemain, il faut bien se rendre à l'évidence, ceci est un cul-de-sac.

Bon, ça tombe bien, on vient de racheter de nouvelles lampes, plus puissantes et j'ai créneau de quelques jours pour les tester sur la croissance de plantules. Je prépare rapidement quelques graines et les place dans le nouveau cabinet de croissance. Tiens, une des lampes clignote... Hum, c'est pas bon ça. Deux heures après, la lampe toute neuve est donc morte. Encore raté.

La conclusion de ceci est que pour la deuxièm fois consécutive, je suis obligée de laisser tomber ma manip, et les créneaux libres ne sont pas légions, j'ignore quand je pourrai reprendre la vraie science, et c'est un peu râlant.

#47 - Chef d’équipe

2009-11-05T05:37:00.000-08:00

Alors que la motivation pour travaille revient petit à petit, j’ai droit à une très grosse semaine. En 48 heures, ma vie professionnelle est en train de prendre un nouveau tournant.

Déjà, mardi, tout a commencé par mon chef qui m’annonce la suite des évènements. En gros, je suis chargée de combiner 4 modèles en un seul. Déjà que deux modèles, c’est pas un cadeau, quatre, je trouve ça assez ambitieux mais je ne désespère pas qu’on embauche du monde pour m’aider ou qu’on monte 15 000 collaborations, parce que c’est sûr que je ne peux pas gérer ça toute seule ! Bon, au moins, j’ai du grain à moudre pour les prochaines semaines.

Aujourd’hui, team meeting. C’est le chef qui parle. Le titre de sa présentation : réorganisation. Bon. Ce qu’il faut savoir quand une équipe grossit de plus en plus avec l’arrivée de nouveaux post-docs et thésards, combiné avec de nouvelles responsabilités extérieures pour le boss, c’est que ce dernier a de moins en moins de temps à consacrer aux membres de l’équipe. Ajoutez à ça des papiers à corriger, des thèses à réviser, des papiers à soumettre, des demandes de bourses à remplir, des collaborations à créer et maintenir, des congrès, des réunions avec la direction de l’institut/Université/(remplit avec l’institution de ton choix)… ça donne une bonne idée de la rareté du temps disponible. Pour exemple, il y a un papier pour Cell, de l’or en pdf, on peut le dire. Ce papier a été accepté il y a 6 semaines. En général, les corrections mineures sont demandées dans la semaine qui suit pour une publication rapide. Et bien ce papier est toujours dans la pile des trucs à faire du chef. Un Cell bordel ! Rajoutez à ça des pressions de la direction pour avoir une organisation transparent et vous obtenez une réunion d’équipe qui s’intitule « Réorganisation ». Et voilà comment je me retrouve à la tête de la sous-équipe « Plants and larger ». Yep. C’est pas du nom qui tape, ça, hein ? Bon, quand à savoir ce que ça veut dire, ça va me prendre plusieurs mois. J’aime les challenges, et il faut reconnaitre que celui de créer une équipe contenant une thésarde en fin de rédaction (mais à 30% seulement de son temps, puisqu’elle appartient aussi à une autre sous-équipe), une thésarde en début de thèse (mais pas à 100 % parce qu’elle appartient aussi à une autre équipe) et moi-même, créer cette équipe donc, sur un sujet qui n’existe pas encore au labo, c’est un sacré challenge, non ?

#46 - Déphasée

2009-10-20T14:19:00.000-07:00

Depuis mon retour de France, j'avais franchement perdu mon mojo. Perte de motivation, d'énergie, d'envie. Je faisais des journées de 5 heures au labo parce que j'y étouffais. J'accomplissais mes devoirs scientifiques, hein, mais j'ai vu dans l'oeil de mon chef qu'il attendait plus de moi, un petit éclat de déception qui n'a même pas réussi à secouer la torpeur qui m'envahissait.
J'ai travaillé un peu avec mes plantes, mises sous le microscope, prises en photo. Cette fois-ci, je les ai éclairées en permanence, histoire de les maintenir heureuses et en vie. Pour cette manip, j'ai réalisé un certain nombre de contrôles, pour vérifier que les observations ne sont pas des artefacts. Un sursaut d'excitation et de peur au moment des résultats. La moitié des plantes sont censées s'allumer en permanence, sans variations, et pourtant ça va, ça vient. Hum. Bon, quand même, et cela a été confirmé par le chef aujourd'hui, les contrôles montrent que ce que je vois n'est pas qu'artefact, ouf. Tout de même, il reste encore beaucoup de vérifications à faire avant d'envoyer tout ça à Nature (oui, je sais, je rêve, mais faut bien, parfois). Tout ça sera lancé demain. Ce lot de plantes a quand même connu la gloire ce matin puisqu'elles sont passées à la télé ! Invasion des chambres de culture par des journalistes venus filmer le chef.
Mon humeur va et vient. Les proches en font les frais. Aujourd'hui, j'avais ma deuxième réunion depuis mon retour. Il fallait quand même donner le change. Et j'ai travaillé. De force. Je me suis botté les fesses, c'est le moi qu'on puisse dire. Moi, tout ce que je voulais faire, c'était regarder Masterchef sur internet... Acculée au mur donc, en 36 heures, je me suis lancée et j'ai bossé. Aujourd'hui, j'ai mené de front le projet microscope, la rédaction du papier, et la recherche de renseignement pour le nouveau projet. Beaucoup de biblio. Et au milieu de tout ça, l'étincelle revient, doucement. Un peu de lumière, un peu d'envie de science. Ouf, je croyais l'avoir perdu, et ça fait du bien.

#45 - Réunion au sommet ?

2009-10-11T03:44:00.000-07:00

Quand ceux qui prennent les décisions sont très motivés pour lancer quelque chose mais qu'ils n'y connaissent rien (ce qui doit arriver assez souvent, non ?), il font des réunions avec ceux qui y savent quelque chose.
Comment je me suis retrouvée dans cette réunion reste un mystère pour moi mais j'ai pu écouter tranquillement certains chercheurs vendre leur bout de gras, quitte à y mettre un peu de mauvaise foi (la politique et moi, nous ne faisons pas trop bon ménage, j'ai trop tendance à détester les discours stériles).
Toutes ces discussions, alors que finalement la vrai point important était que je suis restée assise pendant 4 heures en face d'un autre bloggeur sans en avoir aucune idée. Et l'apprendre deux jours plus tard par des voies annexes. Qui a dit opportunité ratée ?

#44 - Racines scientifiques

2009-10-11T03:14:00.000-07:00

Retour aux sources. Ou plutôt petit retour en arrière pour plusieurs semaines, sur les traces de ma thèse. Le labo est toujours là, il tourne toujours, même après mon départ, je suis presque un peu déçue... Un nouveau thésard à mon bureau et la chef qui squatte ma paillasse. Je suis officiellement rayée de l'équipe. J'en suis un peu nostalgique mais aussi franchement contente, heureusement que je peux aller de l'avant et que ma thèse ne me poursuit pas trop longtemps (à part le dernier article qui est toujours à écrire).

Et là, ça m'a frappé. Comme pour toute carrière bien sûr, le métier de scientifique se construit au fur et à mesure des expériences et des lieux. Petit retour sur mes racines.

INRA Versailles
INRA Jouy-en-Josas
UBC Botanical Garden and Centre for Plant Research, Vancouver
ENS Paris
INRA Versailles
University of Queensland Brisbane
University of Tasmania Hobart
University of Edinburgh

Autant d'étapes qui ont façonné ma façon de travailler, j'y ai appris des gestes techniques et y ai intégré certaines méthodes de pensée. Tout cela mis bout à bout fait que je suis unique dans mes processus de travail, comme tout autre scientifique, finalement. Et ça me plait beaucoup, de ne pas rentrer dans un moule. Humble plébiscite pour de multiples expériences, donc.

#43 - Avion, rédaction, réunion

2009-09-26T14:26:00.000-07:00

... et vacances.

Je suis loin du labo pour 3 semaines. Donc forcément, les manips tournent au ralenti. Ce n'est pas le cas du cerveau, cependant. J'ai pour mission de rédiger deux papiers sur deux sujets complètement différents, youpi !
J'en parlerai donc probablement au cours des prochains mois. Pour le moment, je peux développer un peu plus le sujet 'article' de ce blog, suite à une semaine assez mouvementée qui m'a vue m'arracher les cheveux en réponse à un rapporteur. Un petit article de rien du tout, mais pluridisciplinaire. Or, pour avoir des critiques pertinentes de la part d'un seul rapporteur (pour les néophytes, le rapporteur, ou 'reviewer' dans la langue de Shakespeare, c'est le pénible qui lit votre article et envoie toutes les critiques, souvent en disant que l'article est tellement mauvais qu'il ne peut pas être publié tel quel), pour avoir des critiques pertinentes de la part d'un seul rapporteur (y en a qu'un, de rapporteur, sur un article aussi petit) sur un article pluridisciplinaire, il vaut mieux avoir un rapporteur pluridisciplinaire. Et là, je vais vous dire tout de suite, c'était loin d'être le cas. Au moins, la moitié de l'article n'a pas reçu de critiques, puisque cela ne correspondait pas à la compétence du rapporteur. Mais pour le reste, qu'est-ce que j'ai dû me justifier !!!

Voici donc deux-trois règles que je vais me fixer pour la première fois que je serai rapporteuse :

Éviter de commencer une phrase par "je ne suis pas d'accord", si c'est juste pour critiquer, sans demander d'explications complémentaires.
Revoir un minimum sa bibliographie avant de faire une critique sur la typographie des gènes (GENE, mutant, PROTEINE ; c'est normal que ça ne soit pas écrit partout pareil)
Éviter les points d'exclamations, c'est un peu vexant
Etre un peu ouverte sur ce que propose l'article, ne pas foncer tête baissée sur une remarque, sous prétexte qu'on a une expérience difficile avec des chercheurs d'autres disciplines.

Alors nous, on s'est contenté de répondre naïvement aux commentaires aggressifs : "Nous sommes étonnés de ce commentaire, nous l'avons écouté et changé un peu la phrase pour rendre les choses plus claires, mais nous n'avons pas supprimé la phrase comme il était demandé puisque nous maintenons notre idée".

#42 - Rédaction

2009-09-08T03:17:00.000-07:00

Il y a un an, j'étais vaguement habillée, assise à mon bureau, le nez dans des publis, dans un clavier et la tête toute à ma rédaction de thèse. Aujourd'hui, je suis vaguement habillée (casual en haut, pantalon de pyjama en bas), le nez dans des commentaires, dans un clavier, la tête assez concentrée sur ma correction de papier. Différent bureau, différent appartement, différente ville et même différent pays, plus vraiment une thésarde, franchement une post-doc, mais la même fille, les mêmes tics et habitudes. Je rédige 10 minutes, puis je déambule dans la chambre, dans la cuisine, je range un truc, puis je me remets à l'ordinateur pour quelques minutes de travail intense, toujours un peu déconcentrée par la tempête qui fait rage à mes fenêtres.
C'est ça aussi le travail de chercheur. Je râle beaucoup quand je suis dos au mur, à devoir rester devant mon ordinateur pour rédiger. Mais j'aime le travail accompli une fois le papier fini et envoyé. Un petit moment de calme et de soulagement du travail accompli. Avant que ça recommence.

#41 - Travailler avec des gens incompétents

2009-09-02T05:37:00.001-07:00

Aujourd’hui, je suis remontée. Il me reste trois lots d’échantillons à passer, compter 3 heures de travail. Pour la peine, je mange tôt et vite, pour en avoir fini tôt et vite avec cette manip qui traîne depuis trop longtemps, pouvoir finir d’écrire le papier et me débarrasser de ce projet pour me lancer dans d’autres aventures.

Aujourd’hui, je travaille avec de l’équipement lourd, très lourd même, et très cher, forcément. J’ai déjà 20 minutes de retard sur mon planning et le logiciel s’ouvre sur un message d’alerte. Bon, il faut que je trouve le responsable du robot, pour ne rien faire qui puisse casser la machine dont le prix s’écrit avec 6 chiffres. Sous-sol, personne. Rez-de-chaussée, personne. Premier étage (c’est bien, au moins, ça me fait les jambes), personne. Alors voilà, non seulement les responsables des machines sont incompétents (mais ça pourra être le sujet d’un autre billet), mais de surcroit ils ne sont pas là quand on a besoin d’eux. J’éprouve une forte envie de tout planter là et d’aller faire du shopping, moi…

#40- C’est la rentrée

2009-08-31T06:41:00.000-07:00

Le temps écossais ne nous a pas vraiment donné l’impression d’avoir un véritable été mais finalement, demain c’est septembre et mon cerveau m’envoie des signaux de redémarrage. J’ai toujours du mal à me mettre à la rédaction mais il y a comme une étincelle d’activité qui s’agite sous le crâne. Bref, il est temps de s’y remettre, avant que toute la population de l’université soit consignée à domicile pour cause de grippe A (il faudra que je pense à vous parler des mesures de précautions et des emails de ces derniers temps !).

Aujourd’hui, c’est manip intensive, toujours à la suite de ce que j’ai démarré la semaine dernière, et qui est aussi la répétition de ce que j’ai fait en avril. Je monte et je descends des escaliers, au moins, ça me fait les jambes. La semaine dernière, faute de temps et de milieu nutritif disponible (notre lab manager qui devait me les préparer a été malade – déjà le début de l’épidémie ?), j’ai dû couper court à une nouvelle manip sous le microscope, alors que tout était prêt, c’est un peu rageant. J’ai jeté les plantes ce matin, elles étaient trop vieilles pour servir à quoi que ce soit (ici aussi, il faut être jeune et belle pour faire quelque chose de sa vie). Mais entre temps, j’ai pris la décision que nos essais ont abouti à un protocole efficace. Je me suis aussi fait la main et je suis franchement très efficace pour monter les lames. Donc, on y va, on va répéter la manip du papier initial. Au lieu d’être entraînées (ou habituées) à des cycles de 12h de jour et 12h de nuit, ce qui synchronise toutes les horloges de la plante, les plantules vont pousser sous lumière continue, ce qui va désynchroniser les horloges. En d’autres termes, chaque cellule aura toujours une horloge pour fonctionner mais pas forcément à la même heure que la voisine. On va voir ce que ça donne. J’aime bien ces moments où on lance une manip sans savoir ce qui va en ressortir. Aucun préjugés, juste l’excitation en attendant les résultats. Ce sont ces moments-là qui me font aimer la recherche, ces moments que j’oublie parfois quand je suis gagnée par le découragement et la fatigue.

Pfff, à bien y réfléchir, faut vraiment être fou pour faire ce métier !

#39 - Retour lent de vacances, flemme et surcharge de travail ?

2009-08-23T06:59:00.000-07:00

Avec ce retour de vacances courtes (une semaine, hein, c'est que j'ai du boulot, faut pas oublier), la question pour moi se pose de poursuivre ce blog. Je l'aime bien, pourtant, ce petit journal de bord. Je pense que je serai contente plus tard d'avoir un peu de compte-rendu au jour le jour de mes journées de post-doc. Mais pfiou, l'impact est quand même franchement faible quand je vois le nombre de lecteurs. J'ai bien pensé changer de sujet de recherche pour faire quelque chose de plus vendeur... Qu'est-ce que je pourrais proposer ? Grippe H1N1 ? Sexe et genre dans le monde de l'athlétisme ? OGM ? Clonage ? etc etc. Pas sûr que ça plaise à mon chef. Bon, disons que je vais faire un effort pour revenir à des compte-rendus un peu plus quotidiens, pour maintenir le suspense (?) de mes journées.

Y a pas à dire, tout ça est aussi à mettre en relation avec la grosse flemme qui m'envahit depuis quelques semaines. Et je ne peux même plus invoquer la maladie ou la fatigue puisqu'une semaine à Budapest m'a bien requinquée. C'est juste une période de lassitude face à la science en général, à mon labo et à mon projet en particulier. Quelqu'un a dit une fois que les gens comme moi avait une capacité de reconcentration accrue, tout ça pour ne pas dire que je passe surtout très vite à autre chose. Déjà avoir tenu 3 ans sur le même sujet a été un exploit pour moi qui n'arrive jamais à rien finir. Donc, là, j'en ai marre, ou au moins je suis fatiguée d'un de mes projets. Et ça tombe bien parce qu'on est en train de le clôturer, ce qui veut surtout dire que je suis censée être en rédaction active. Mais là encore, grosse flemme. J'ai juste préparé mes figures en 4 heures avant ma réunion (comment ça, j'ai eu 3 semaines pour le faire avant ?). Et à ma dernière réunion, le chef m'a bien fait comprendre qu'il attendait une version rédigée pour dans 10 jours, bon, ça veut dire que j'aurai un dimanche soir un peu chargé, comme à mon habitude.

Du coup, j'évite les rédactions pénibles en me perdant dans les manips, mais pas trop, toujours en accord avec ma flemme géante. Et il y a du nouveau sous le microscope. Pour pouvoir tester différentes conditions, de sucre, de marqueur et de mise en place, j'ai réalisé plusieurs essais avec des concentrations différentes. Plusieurs fois, plusieurs plantes sous la caméra à chaque fois. Et ça en fait des plantes à monter sur lame !! Je commence à être hyper rapide et efficace !! (j'en ai un peu marre aussi, je le reconnais, il est temps que cette foutue manip donne des résultats). On teste et on reteste. Mardi dernier, mon chef me demande si j'ai aussi testé la prise de photo tout en donnant aux plantes de la lumière. Ah... Euh comment dire... Pour le moment, pour bien voir quelque chose, le temps d'exposition est de 30 minutes et pour ne rien louper, on prend photo après photo, dans le noir... Donc, il n'y a pas moyen de donner de la lumière aux plantes. En conséquence, je dois maintenant tester une diminution du temps d'exposition (15, 20 minutes ?), avec un traitement de lumière entre chaque photo (oui, mais 20 minutes de lumière puis 20 minutes d'obscurité, ce n'est pas ce que j'appelle de la lumière continue...). Bref, la suite au prochain numéro !

#38 - Labo en pause forcée ?

2009-08-05T13:12:00.000-07:00

J'ai tellement de choses à faire que je ne sais pas par où commencer. Et c'est là, en général, que mon corps, à bout de force, dit stop. Et pour dire stop, il a dit stop. Suspicion de grippe H1N1, qui dit mieux ? Du coup, plus ou moins consignée à la maison pour me reposer et ne pas répandre les virus (enfn, ça, c'est assez raté, considéré que j'ai bossé au labo hier avec une quinte de toux toutes les 5 minutes). Ajoutez à ça une flemme comme je n'en ai jamais vue, et vous obtenez... rien de fait... Bon, on verra comment je vais pouvoir :

expliquer ça au chef
tout faire en 48 heures...

#37 - Je procrastine, tu procrastines...

2009-07-24T03:49:00.000-07:00

En plus de l’optimisation sous le microscope, il y a cette énorme manip qui me pend au nez depuis plusieurs mois, répétition tant attendue du premier essai réussi d’avril. Arrhhh, je déteste cette manip. Passer 6 à 8 jours sous une hotte, mal assise, stressée par le temps, avec blouse et gants, avoir chaud et les mains toutes abîmées. Mais bon, la pression du chef, et la ~~carotte~~ publi comme objectif, il faut que je m’y mette.

Alors, pour procrastiner encore un peu, j’ai anticipé la partie que je déteste le plus : préparer et marquer les tubes. Cette étape prend un temps fou, et je l’ai toujours haïe du plus profond de mon cœur. Donc, il y a deux jours, j’ai préparé mes tubes pour au moins 4 fournées. Au moins, ça, c’est fait, et ça m’a permis de retarder encore un peu le début du supplice.

Et là, prémédité ou non (mais plutôt non, je n’en suis pas à m’automutiler pour ne pas faire la manip), des phosphènes et une migraine ophtalmique… Deux jours HS ! Mince alors.

Ce matin encore, réunion, donc pas de manip. Et cet après-midi alors ? Je vais peut-être m’y mettre mais d’un autre côté, c’est vendredi, est-ce que ça vaut vraiment le coup ?

#36 - Comme un lundi

2009-07-20T03:49:00.000-07:00

Ce week-end, juste pour la science, je me suis levée samedi ET dimanche matin, juste pour venir au labo transférer des boites. Chrono : 5 minutes dans le bâtiment à chaque fois. J’en ai profité pour aller faire du shopping après, que je ne me sois pas levée pour rien ! Il faut croire que mon labo agit comme un aimant sur moi, je fais en sorte d’avoir à venir les week-ends, juste pour ne pas me tenir éloignée trop longtemps. Mouarf, en vrai, la science a bon dos, et si je pouvais rester à plus de 500m de mon labo le week-end, je le ferais, mais que voulez-vous, on est post-doc ou on ne l’est pas, il faut bien publier ma pauv’ dame. Je crois surtout que j’ai besoin de vacances. Mon cerveau ne fonctionne plus et je procrastine tellement qu’une de mes manips a tout simplement un mois et demi de retard.

Voilà, c’était en direct du labo, les pensées en vrac d’un lundi matin. Bonne semaine à tous ! (sauf à ceux qui sont en vacances, vous, je vous maudis).

#35 - Ils n'ont qu'à manger des brioches

2009-07-14T02:34:00.000-07:00

Pendant que les français se dorent la pilule sous le soleil du 14 juillet, je m’arrache les cheveux à essayer de trouver du sens à mes résultats. Pourquoi je ne travaille pas sur un processus simple avec du ON/OFF et c’est tout, hein ? Il a fallu que je m’embarque sur un système des plus compliqués… Bon, il faut reconnaître que ça aurait été franchement moins marrant.

En parallèle, un bout de mon cerveau réfléchit toujours à l’optimisation des manips sous microscope. Le dernier test à grande échelle m’a révélé une erreur grossière que je faisais depuis le début et qui aurait dû me sauter aux yeux (mais parfois, on est bien aveugles devant les évidences). J’avais tellement limité le sucre pour ne pas altérer le système que mes plantes n’avaient plus aucune énergie pour le processus que j’attendais d’elles. Bon, on va recommencer, avec un peu de sucre dans le milieu, c’est reparti.

Ah oui, et aussi, il faut que je fabrique une petite jupe pour mettre autour de ma plante et de l’objectif quand elle est sous le microscope pour éviter la déshydratation et les variations de température. Je vais refaire du découpage-collage !

#34 - Retour de congrès

2009-07-08T07:34:00.000-07:00

On a beau dire, deux congrès d’une semaine sur le même mois, ça n’aide pas vraiment à être productif d’un point de vue résultats expérimentaux.

La semaine dernière, donc, c’était la grosse fiesta Arabidopsis à Edimbourg, 800 personnes pour parler d’une mauvaise herbe, qui dit mieux ?

Compte-rendu, en bref, de ma semaine :

600 posters, il vaut mieux avoir fait sa sélection avant
Contente de revoir mes copines de thèse, avec les derniers potins et tout
J’ai fait ma timide, parfois, quand il s’agissait de parler aux chefs
Commencer le congrès par une session sur des concepts franchement compliqués, avec des orateurs qui tiennent pour acquis les connaissances du public dans leur domaine, ce n’était pas forcément la meilleure idée
Instructions de centre du congrès : pour poser une question, déplacez-vous vers les micros placés dans les allées centrales et attendez que l’orateur vous donne la parole. Euh, comment on fait quand on est assis au milieu d’une rangée, avec 15 personnes de chaque côté ?
Le personnel du centre de congrès, très efficace pour les repas (pas plus de 30 secondes d’attente pour avoir à manger, sur un congrès de cette taille, je dis chapeau) mais franchement surveillants de prison quand il s’agissait du reste (pas le droit de s’assoir sur les marches, pas le droit de décider où prendre son café, etc)
La clim des amphithéâtres. Bon, on n’était pas en Espagne, hein, alors il n’était pas forcément nécessaire de mettre la clim à fond… Résultat : une crève carabinée pour moi, qui m’a même empêchée de sortir le samedi soir
Des traces de nourriture apparues sur mon poster après la première session. Bon, au moins, c’était de la tomate et mon poster était rouge, mais quand même !
Plusieurs personnes qui s’obstinent à me demander en quelle année de thèse je suis, bon, ça suffit maintenant !
Des discussions intéressantes par rapport à mon travail
Mon cerveau en ébullition suite à ces mêmes discussions

Pfiou, du pain sur la planche et beaucoup de fatigue.

#33 - Ampoules

2009-06-18T07:07:00.000-07:00

Qu’on soit thésard ou post-doc, s’il n’y a pas de technicien au labo, c’est à nous que reviennent les petites tâches essentielles. Aujourd’hui, je me suis fait 2 ampoules à l’index droit en coupant des tubes avec une lame de rasoir. De toutes façons, c’était ça ou continuer à avoir des contaminations dans toutes mes boites de culture. Des ampoules, encore des ampoules… Comme dirait l’autre, il faut croire que je ne suis vraiment pas manuelle !

#32 - Encore un congrès

2009-06-18T02:45:00.000-07:00

Reçu aujourd’hui le programme de la grosse fiesta de juillet. La bonne nouvelle est que mon abstract est dedans même avec 4 jours de retard pour la soumission. Un congrès de 800 personnes, je n’ai jamais vécu ça, ayant travaillé auparavant sur une espèce moins répandue dans les laboratoires. Finalement, j’attends surtout avec impatience de retrouver mes copines !

#31 - De retour

2009-06-17T06:42:00.000-07:00

Depuis deux jours, tout le monde au boulot me demande comment se sont passées mes vacances en Espagne. Pourtant, ils devraient être interpelés par la blancheur de ma peau et les cernes que j’ai sous les yeux. Pas de vacances pour moi, à part les 5 heures de marche dans Barcelone, au cours desquelles mes Havaianas m’ont laissé des ampoules inoubliables. Bon, je reconnais que le congrès auquel j’ai assisté n’aurait pas pu être dans un endroit plus éblouissant. Les organisateurs ont clairement fait le bon choix du lieu. Qui irait se plaindre de journées extrêmement denses quand on a 3 heures de pause au déjeuner pour aller à la plage ou à la piscine ? Pas moi en tout cas. Je ne regrette ni les ampoules ni les deux journées de transport, si c’est pour arriver là.

En bref, voici ce que j’ai retenu de ma semaine :

Je n’aime pas la recette catalane de pain frotté à l’huile d’olive et couvert de purée de tomate, ça ramollit le pain. Je n’aime pas non plus la crème catalane à tous les repas.
Forcément, quand un des plus grand pontes de mon domaine m’adresse la parole et me pose une question, c’est le petit déjeuner et j’ai la bouche pleine de pain.
J’arrive très bien à me concentrer sur une présentation qui m’intéresse et à faire abstraction du panorama magnifique sur ma gauche mais je vais plutôt regarder les mouettes voler au dessus de la crique si l’orateur est super chiant.
Je déteste ces chercheurs aux dents longues qui n’adressent la parole qu’aux gens importants et snobent complètement les post-docs. Et pourtant, qui fait vraiment la science de nos jours, hein ?
Autant les gens bougent sur leur siège quand une présentation est trop longue, autant quand Dieu en personne fait son show et dépasse allègrement son temps de parole de plus d’une demi-heure, tout le monde est tellement pendu à ses lèvres qu’on en viendrait presque à l’empêcher de partir.
Et d’ailleurs en parlant de la présentation star de la semaine, elle confirme mon opinion qu’une image vaut mille mots. Pas un seul mot ou phrase dans les diapos…

Je suis partie du continent éreintée, le cerveau épuisé mais plus riche de connaissances, sociales et intellectuelles. Une bonne semaine, somme toute.

#30 - Poster

2009-06-01T13:52:00.000-07:00

M'embêtez pas, je suis atrocement en retard sur la préparation de mon poster pour un congrès farniente auquel je participe la semaine prochaine en Espagne (youhou, je vais au soleil !).
D'ailleurs, en parlant de ce congrès, je viens de recevoir le programme et je suis en plein syndrome de l'imposteur. Je me demande franchement comment je vais me sentir au milieu de tous les pontes, et même pas perdue au milieu de 500 autres personnes, non non, là, c'est un petit truc intimiste juste entre nous. Quelle idée a pu avoir l'INRA de m'envoyer là-bas, y a des jours, je me demande...

#29 - Planification

2009-05-29T11:09:00.000-07:00

Suite à une remarque d’Enro, je viens apporter quelques informations sur ma journée d’hier et en particulier son organisation.

Les Manips 1 et 2 devaient absolument être réalisées ce jour-là. La Manip 1 étant sous contrainte horaire. La Manip 3 (sous le microscope) avait été lancée la veille et l’observation des données n’était pas obligatoire, juste un petit plaisir pour satisfaire ma curiosité. En ce qui concerne la dernière manip, numéro 4, je n’avais pas forcément à la planifier ce jour-là mais en gros, les résultats sont attendus le plus tôt possible. J’ai donc profité du fait d’être au labo pour une longue journée pour lancer les robots. Ici, par contre, j’étais assez prise par le temps puisque chaque machine prenait 1 heure, la première préparant les échantillons pour la deuxième, ce qui permettait de préparer un lot pendant qu’un autre tournait. Cependant, je devais rajouter une plaque au robot au bout des premières 30 minutes.

Tout ça pour dire que j’ai fait au mieux, en donnant la priorité aux prélèvements de la Manip 1, et je ne m’en suis pas trop mal sortie.

#28 - Journée ordinaire

2009-05-28T10:45:00.000-07:00

Je dédicace ce billet à tous les thésards et post-docs du monde entier.

9h15 – Arrivée au labo. Allumage de l’ordi.

9h20 – Manip1. Préparation des 24 tubes pour les prélèvements du jour. Annotation au feutre et remplissage à la pipette de la solution de conservation des échantillons.

9h30 – Manip 1. Prélèvements de 4 échantillons, dans le noir complet.

9h40 – Manip2. Je mets une bouteille de milieu de culture à l’autoclave, pour le faire fondre et le stériliser.

10h00 – Manip3. Je jette un coup d’œil aux images du microscope pour avoir un premier aperçu et vérifier que la plantule est toujours vivante. Tout va plus ou moins bien…

11h00 – Manip 2. Je prépare le matériel dont j’ai besoin sous la hotte pour couler mes milieux. C’est le bazar, je vide les bouteilles d’eau qui traînent et je range un peu.

11h30 – Manip1. Prélèvements de 4 échantillons, dans le noir complet

11h45 – Manip2. Je coule le milieu de culture dans des boites de pétri et les laisse sécher sous la hotte.

11h55 – Manip4. Je vais chercher de la glace dans un récipient en polystyrène. Je sors ce dont j’ai besoin pour mes manips de l’après-midi : ADNc en plaque, deux couples d’amorce, l’eau et le réactif. Je laisse à décongeler au frigo.

12h00 – Manip2. Mes boites sont sèches, je les referme en attendant d’y déposer les graines.

12h05 – Interlude. A table !

Attention, ça va se corser… Lorsque l’étage n’est pas indiqué, l’évènement se situe au labo principal, premier étage mais pas dans le même bâtiment que le reste de la manip4. Tous les déplacements sont réalisés sans ascenseur, bien sûr.

13h00 – Manip4. Je prépare mon mélange dans deux tubes, regroupe tout ce dont j’ai besoin.

13h30 – Manip1. Prélèvements de 4 échantillons, dans le noir complet.

13h35 – Manip4. Rez-de-chaussée. J’allume tout le matériel, deux ordinateurs, deux programmes, autant de nom d’utilisateur et de mot de passe. Le système s’initialise, le robot s’allume. Procédure de nettoyage du robot.

13h40 – Manip4. 1^er étage. Centrifugation des tubes de réactif.

13h42 – Manip4. Rez-de-chaussée. Re-nettoyage du robot.

13h44 – Manip4. Rez-de-chaussée. Lancement du robot.

13h50 – Manip2. Recherche dans la base de données des graines qui m’intéressent.

14h00 – Manip2. Je fouille dans le placard à graines pour trouver les bonnes boites.

14h15 – Manip2. Les bonnes graines en main, je les transfère dans des tubes et m’apprête à les stériliser. Je prépare tout sous la hotte.

14h20 – Manip4. 1^er étage. Centrifugation de la plaque d’échantillons.

14h25 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je place la plaque d’échantillons dans le robot.

14h32 – Manip2. Sous la hotte qui surchauffe (il doit bien faire 28°C là-dessous et je porte une blouse et des gants), je stérilise les graines et les dépose sur les boites de milieu. Je les laisse sécher.

14h50 – Manip4. Je prépare le nouveau tube de réactif.

14h55 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je sors la plaque du robot

14h57 – Manip4. 1^er étage. Centrifugation de la plaque sortie du robot.

15h02 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je transfère la plaque dans la machine qPCR. Je lance la qPCR.

15h04 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je relance le robot avec le nouveau tube de réactif.

15h10 – Manip2. Je ferme les boites de milieu contenant les graines et les scelle avec du micropore. Elles sont ensuite emballées du papier alu et mises au frigo pour 4 jours.

15h30 – Manip1. Prélèvements de 4 échantillons, dans le noir complet.

15h35 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je place la plaque d’échantillons dans le robot.

15h42 – Ouf une pause, je lis mes mails. Ah non, une des machines du labo vient de rendre l’âme, ce qui met en péril les manips de mes collègues. On discute pour trouver un moyen de régler ça. La solution va être de déplacer du gros matériel nécessaire à la Manip2 d’une pièce noire vers une autre pièce noire. Mais là, je n’ai pas le temps, donc on fera ça demain.

15h50 – Manip4. Je prépare le nouveau tube de réactif.

15h55 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je sors la plaque du robot

16h00 – Manip4. 1^er étage. Centrifugation de la plaque sortie du robot.

16h05 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je sors l’autre plaque de la machine qPCR. Je transfère la nouvelle plaque dans la machine qPCR. Je lance la qPCR.

16h07 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je relance le robot avec le nouveau tube de réactif.

16h20 – Manip4. Je sors une autre plaque d’échantillons du frigo.

16h25 – Manip4. 1^er étage. Centrifugation de la plaque d’échantillons.

16h30 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je place la plaque d’échantillons dans le robot.

16h35 – Je vais faire pipi et boire un coup.

16h45 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je suis postée devant mon robot parce qu’il y a un énorme courant d’air qui accentue l’évaporation de mes échantillons très précieux alors je veux être sûre de les sortir du robot quand il a fini. Je n’ai pas pu le faire pour les fois précédentes, bah parce que je n’avais pas vraiment le temps…

16h47 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je sors la plaque du robot

16h50 – Manip4. 1^er étage. Centrifugation de la plaque sortie du robot.

16h55 – Manip4. Rez-de-chaussée. La qPCR précédente n’est pas terminée, je mets la plaque d’échantillons au frigo. Ça ne me satisfait pas vraiment mais pour les deux derniers lots, il y a moins d’échantillons, donc le robot est plus rapide, ce qui n’est pas le cas de la machine qPCR.

17h10 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je sors l’autre plaque de la machine qPCR. Je transfère la nouvelle plaque dans la machine qPCR. Je lance la qPCR.

17h15 – Je récupère les clés du labo où se trouve le robot pour pouvoir finir plus tard.

17h30 – Manip1. Prélèvements de 4 échantillons, dans le noir complet.

17h35 – Manip4. Je prépare le nouveau tube de réactif (ouf, c’est le dernier pour aujourd’hui).

17h40 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je relance le robot avec le nouveau tube de réactif.

17h50 – Je range un peu ma paillasse, je remets des tubes au congélateur et je jette la glace (qui a bien fondu entre temps).

18h00 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je place la plaque d’échantillons dans le robot.

18h20 – Manip4. Rez-de-chaussée. J’attends que mon robot ait fini.

18h22 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je sors la plaque du robot

18h25 – Manip4. 1^er étage. Centrifugation de la plaque sortie du robot.

18h35 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je sors l’autre plaque de la machine qPCR. Je transfère la nouvelle plaque dans la machine qPCR. Je lance la qPCR.

18h40 – Manip4. Rez-de-chaussée. Je récupère mon bazar et ramène tout au labo. J’éteins le robot. Je regarde avec satisfaction la machine qPCR qui indique que ma dernière plaque est en cours d’analyse.

18h50 – Tiens, et si je racontais ma journée sur mon blog ?

19h25 – J’éteins mon ordinateur et range mon sac.

19h30 – Manip1. Prélèvements de 4 échantillons, dans le noir complet. Dernier de la journée !

19h35 – Manip1. Je reprogramme le cabinet de croissance pour que la moitié de mes plantes soient plongées dans le noir ce soir à 21h30.

19h37 – Je ferme mon bureau, respire un grand coup et je me précipite dehors. La journée est finie ! Et dire que j’étais censée avancer sur mon poster, avoir une réunion de labo et aller à une conférence organisée pour les post-docs…

#27 - Un petit pas pour Arabidopsis...

2009-05-28T07:24:00.000-07:00

Un grand pas pour moi ! En tous cas, ces jours-ci, il ne m’en faut pas beaucoup pour être satisfaite.

Tout ça pour dire que ma plante n’est pas morte cette nuit ! Elle se porte même plutôt bien. Bon, d’accord, on n’a aucun résultat. Je n’ai pas de confirmation pour le moment, mais je pense que le problème vient du fait que la feuille n’a qu’un faible accès à l’air et les échanges gazeux sont difficiles. Or, la réaction avec le marqueur est très gourmande en oxygène, donc on n’observe pas grand-chose… Je vais donc devoir revenir à la solution sans lamelle couvrante. J’ai la vague impression de beaucoup faire marche arrière ces jours-ci…

#26 - In process...

2009-05-27T11:03:00.000-07:00

Comme à mon habitude quand je me décide à travailler, je lance 15 trucs en même temps. Cette semaine, je partage mon temps entre 4 grosses manips (c’était pour être sûre de ne pas m’ennuyer). Et lorsque j’ai 5 minutes de pause, je passe voir mes images issues du microscope – une nouvelle image toutes les 30 minutes, ça permet de se faire une idée, déjà.

Je ne regrette pas mon choix d’avoir remis le marqueur dans la solution, les images sont claires, nettes et jolies. Je n’en suis certainement pas au point de pouvoir conclure quoi que ce soit, mais au moins, on ne va pas devoir augmenter la sensibilité du logiciel au maximum ne serait-ce que pour voir le profil de la feuille. Déjà, on va croiser les doigts pour que la plante survive au moins 3 jours…

#25 - Bilan

2009-05-25T03:11:00.000-07:00

Alors que je démarre une nouvelle semaine d’échantillonnage, une partie de mon cerveau s’obstine à trouver une solution pour mes expériences sous le microscope.

Tout d’abord, les problèmes principaux :

Maintenir la plante en vie
Maintenir la plante dans un état le plus proche du normal possible
Approvisionner la plante en marqueur, sans l’empoisonner ni introduire un biais d’observation lié à des vagues d’alimentation en marqueur
Empêcher la feuille de bouger sans stresser la plante
Approvisionner la plante en nutriment pour compenser l’obscurité (sinon, obscurité + absence de nutriment = famine ou mort quasi certaine)
Et la nouvelle : éviter au maximum toute contamination du milieu par des champignons

Les solutions envisagées jusqu’à présent :

Marqueur dans le milieu, puis…
… pas de marqueur dans le milieu
Feuille scotchée sur la lame, puis…
… pétiole scotché sur la lame et feuille sous une lamelle pour empêcher les mouvements
Milieu : eau, puis…
… solution nutritive, puis…
… solution nutritive diluée
48 heures de préparation pour acclimater la plante à son environnement

Les protocoles favoris pour le prochain test :

48 heures de préparation
Pétiole scotché et feuille sous lamelle
Solution nutritive diluée (et super stérile)
Marqueur dans la solution

On croise les doigts !

#24 - Ah ben voilà autre chose

2009-05-20T08:41:00.000-07:00

C’est en général quand on croit avoir tout vu qu’il nous tombe un truc dessus. Je commence à me lasser un peu des manips sous microscope mais je m’obstine, après tout, je suis payée pour ça. Après plusieurs essais infructueux, j’arrive enfin à améliorer le taux de survie de mes plantes, en particulier en leur fournissant un milieu nutritif (mais pas trop) pour qu’elles disposent d’un peu d’énergie en l’absence de lumière. Maintenant, la préparation préliminaire prend 48 heures avant la mise en place sous microscope mais le protocole a l’avantage de préparer les plantules à leur condition avant de les stresser encore plus dans le noir.

Aujourd’hui, j’ai récupéré l’objet d’étude qui était resté presque 7 jours comme ça. Bon, elle est morte, mais on pouvait s’en douter. Ce dont je me doutais moins, c’est que la solution dans laquelle elle baignait était complètement contaminée par des champignons. Ah bah, voilà autre chose. Comment j’analyse ~~mon absence de~~ mes résultats avec ça ?

Maintenant, il faut que je trouve une solution pour nourrir mes plantes sans offrir une orgie aux champignons du coin pour qu’ils ne s’invitent pas à la fiesta.

#23 - Comme à la maternelle

2009-05-07T19:00:00.000-07:00

Aujourd’hui, pas grand-chose à faire. J’en profite pour ranger un peu et je m’occupe de mes nouvelles pipettes. Ce qui est bien, quand on a encore un bon bout d’âme d’enfant, c’est qu’on s’émerveille d’un rien. Or, le chercheur, le jeune surtout, est un grand enfant qui joue au petit chimiste. Alors quand un nouveau jouet arrive dans sa belle boite, c’est l’euphorie.

Il y a quelques semaines déjà, mes nouvelles pipettes sont arrivées. C’était la première fois que j’en voyais des neuves, je les ai sorties de leur boite, et je me suis amusée à ouvrir toutes les petites pochettes contenant les accessoires. Malheureusement, elles sont aussi tombées au moment où je n’avais pas trop le temps de m’en occuper et elles traînaient sur ma paillasse depuis, en attendant d’être remarquées (comme les enfants, je me lasse aussi très vite de ce que j’ai).

Cet après-midi donc, j’ai pu me repencher sur mes nouveaux jouets. Des pipettes, ça se range sur des supports. Les supports fournis avec les miennes étaient à coller sur le mur. Chouette, un peu de bricolage ! Hop, collés, bien alignés (quoique un peu de guingois mais une fois posés impossible de les déplacer). Ensuite, un autocollant avec mon nom pour m’approprier les jouets (il manquerait plus que mes collègues/petits camarades me piquent mes jouets), et une petite bannière rose (ma couleur ici au labo, toutes mes affaires sont roses, personne ne me les piquent). Voilà, les pipettes sont toutes belles, et je peux enfin faire du bon travail girly !

#22 - 1er mai

2009-05-01T02:13:00.000-07:00

C’est la fête du travail ! Du coup, nous, on bosse. C’est la crise, mon ami. Trêve de plaisanterie, j’aurai probablement deux jours fériés dans quinze jours, je ne vois pas de quoi je me plains.

Pour des raisons techniques d’âge de plantes, la manip au microscope et au point mort. Je reconnais aussi que j’ai un peu perdu la motivation et l’inspiration. Mais tout devrait rentrer dans l’ordre dès la semaine prochaine. Aujourd’hui, j’ai juste pu faire un peu de lunettes à vision de nuit (je ne m’en lasse pas) et en profiter pour inspecter la pièce noire ou je travaille. Pour vous mettre dans le bain, imaginez que vous rentrez dans une petite pièce de travail, avec de la lumière, et ça pue franchement. Immédiatement, vous allez inspecter tous les recoins de la pièce pour voir ce qu’il en retourne. Après tout, ça pourrait être dangereux (un produit chimique ou une fuite de quelque chose sur le sol). Bon. Maintenant, éteignez la lumière. Ah oui, là, ça se corse. Ma solution a donc été d’inspecter la pièce avec mes lunettes GI Joe. Bon, je n’ai rien trouvé et ça pue toujours. J’espère juste que ce n’est pas mon matériel électronique qui est en train de rendre l’âme…

#21 - Lab meeting

2009-04-24T06:29:00.001-07:00

Le travail de post-doc est toujours parsemé de présentations et posters, que ce soit pour des congrès ou tout simplement pour les réunions de labo. Certains les appréhendent, les show(wo)men les adorent, et certains détestent par-dessus tout prendre la parole en public. Dans mon cas, il s’agit d’un mélange d’appréhension et de jubilation. Il suffit de savoir que je me suis réveillée contente le matin de ma soutenance de thèse (même moi j’ai été franchement surprise de ma réaction, je pensais que je serais plutôt pliée en deux de stress, mais non, un soulagement et de la curiosité, allez comprendre). J’aime par dessus tout entamer le dialogue avec mon audience afin de m’enrichir de nouvelles suggestions et de me détourner d’impasses potentielles.

Ces derniers jours, j’ai pu également découvrir que préparer une présentation m’obligeait aussi à lire en profondeur certains papiers, et ce n’était pas superflu. En particulier, tout le travail que je réalise au microscope se base sur une publication d’un groupe japonais qui a déjà plusieurs années. Or, devoir le lire et en ressortir l’essentiel pour ma présentation m’a ouvert les yeux sur un certains nombre de choses que j’avais complètement raté aux premières lectures. Bon, je reconnais que j’ai la mauvaise habitude de tout lire en diagonale, voire même pas de façon linéaire. Je suis du genre à lire un paragraphe à une page sans avoir lu les parties précédentes, et si ce que je lis ne me choque pas, je ne reviens même pas en arrière (dans Harry Potter, cela m’a parfois joué des tours, et je me crée des spoilers toute seule, en allant lire la conclusion d’un paragraphe et donc en manquant toute la tension montante qui le précède). Tout ça pour dire que je me suis rendue compte que je n’avais pas vraiment compris le fameux papier, et que j’avais manqué un grand nombre d’incohérences (disons-le, ce papier est une merde, ce qui me chagrine encore plus quand on voit la difficulté parfois d’avoir un article accepté). En conclusion, mon travail actuel n’a plus grand-chose à voir avec l’objectif initial et c’est tant mieux. Et j’ai pu faire ma présentation, qui a aboutit sur la conclusion majeure que les vidéos faisaient bugger le projecteur.

#20 - pffff

2009-04-22T02:37:00.000-07:00

Et bien voilà, ça ne marche pas. En tous cas, ça commence à faire un moment que mes expériences sous le microscope ne marchent plus. Je n’arrive pas à maintenir mes plantes en vie suffisamment longtemps, rien à montrer ou à discuter pour le moment, juste un grand vide devant moi.

Pour être honnête, en plus, je reviens de week-end, nous n’avons pas de plantes au bon âge pour travailler et je manque cruellement de motivation. Si vous voulez mon avis, j’aurais mieux fait de rater mon avion, hier, ça m’aurait épargné la déprime du mercredi matin.

Pour la peine, je boude cette manip et je vais faire autre chose, on y reviendra quand je serai d’humeur.

# 19 - Encore un peu de patience

2009-04-17T06:56:00.000-07:00

Du nouveau sous le microscope.

Previously in Lumière ! ... et ombre
Après de multiples essais de protocoles pour maintenir les plantules en vie et en forme pour pouvoir réaliser des cinétiques sur feuille sous le microscope, j'ai enfin mis la main sur un schéma qui me satisfait (pour le moment). La feuille est scotchée à une lame, maintenue en place par une lamelle qui ne la colle pas non plus. Donc l'air circule, ce qui lui permet de réaliser photosynthèse et transpiration pour avoir un transport satisfaisant dans les veines et un apport en oxygène suffisant pour que la feuille ait l'air relativement normale. Le reste de la plante est à l'air libre et la racine tranpouille allègrement dans un bain de solution nutritive.
Les tests désormais sont orientés vers une validation des observations préliminaires. La première étape est de tester un marqueur homogène et de comparer avec un de nos marqueurs les plus fiables pour confirmer qu'il existe des différences significatives.
Aux dernières nouvelles, le marqueur homogène était sous le microscope...

Les résultats obtenus pour le marqueur homogène sont assez encourageants. Les marquages sont assez homogènes et durables. Cependant, ils révèlent des observations étonnantes lorsque la feuille est sur le point de mourir (de faim ou de déshydratation), le marqueur devient alors très visible et apparait par vagues au sein des tissus. Hum. Au moins, si cette manip ne marche pas, on pourra peut-être en faire quelque chose dans le domaine de la mort cellulaire (il n'y aurait pas un journal type Journal of Apoptosis qui pourrait être intéressé ?). J'ai donc lancé, avec un protocole identique, une étude sur un de mes principaux marqueurs. Et cette fois-ci, je prends un soin particulier de mes sujets d'étude : les plantes sont vaporisées avec le marqueur, qui va imprégner les tissus pendant 24 heures. Le jour suivant, je prépare 3 ou 4 plantes sur lame, la racine dans l'eau, que je replace dans une chambre de culture à la lumière, pour qu'elles s'habituent à leur situation (bilan de la manoeuvre : environ 50% des plantes prélevées n'ont pas survécues à l'installation. En gros, elle n'y ont pas mis du leur et ont eu une feuille ou plus arrachée en route). Le jour suivant, je sélectionne les plantes qui ont survécu (il semble que passer d'un environnement chaud et humide - la boite de pétri - à l'ai libre ne leure réussisse pas toujours. Taux de survie : environ 50%). La plante qui me tape le plus dans l'oeil part s'installer sous le microscope pour observation, ce qui durera entre 48 et 96 heures, selon son comportement et sa survie.
La première tentative cette semaine a raté puisque la plante est morte au bout de 36 heures. Mais une nouvelle plantule se fait actuellement prendre en photo et y restera le week-end. Il faut lutter pour être parmi les plantules appelées à devenir célèbres !

#18 - De l'air !

2009-04-14T09:33:00.000-07:00

Après 8 jours de travail à la suite, dont 6 de prélèvements, et après encore 3 jours de manipulation acharnée, la post-doc que je suis a décidé de sortir du labo. Il était temps. J'avais perdu toute mon énergie, toute ma motivation à parler de mes journées sur ce blog, plus envie de faire de science, même plus excitée à l'idée d'avoir peut-être touché du doigt quelque chose d'inédit sous le microscope.
Alors on est partis.

Et ça m'a vraiment fait du bien. Pas de science à l'horizon, juste des Lochs, des châteaux et de la nourriture écossaise. Que du bonheur. Et une bonne réserve d'énergie pour redémarrer au top (enfin, au moins pour une semaine, d'après mes estimations).

#17 - Un long week-end en perspective

2009-04-04T05:29:00.000-07:00

C’est une des premières averses de la semaine qui m’a accompagnée ce matin alors que je me rendais au laboratoire pour une journée de 11 heures. Un triste cocon gris, reflet de mon humeur. Et puis le soleil printanier est sorti, allégeant mes idées par la même occasion.

Et il valait mieux que j’aborde cette journée le cœur léger, au vu du programme qui m’attend. Prélèvements, prélèvements, prélèvements…

Et aussi un petit coup d’œil aux images du microscope. Tout cela a l’air de marcher, mais je veux voir un autre cycle de 24 heures avant de me prononcer.

Ah oui, et aussi, une petite heure avec mes lunettes à vision nocturne !

#16 - Où je me rends compte que ce n'est pas gagné

2009-04-03T06:00:00.000-07:00

Les choses ont bien changé depuis ma dernière mise à jour.

La principale raison de ce changement est que je me suis lancée dans les contrôles pour la manip sous microscope. Pour cela, j’utilise des plantes qui vont exprimer mon marqueur de façon constitutive. En d’autres termes, je dois voir mon marqueur partout, sans aucun changement spatial ou temporel. La mise en place a été plutôt chaotique, et j’y ai sacrifié beaucoup de plantes, les feuilles sont plus jeunes et beaucoup plus difficiles à manipuler. Mais au final, j’ai eu le dessus.

24 heures après, les premiers doutes s’installent. Le marqueur n’est pas homogène, et il diminue avec le temps. Encore 24 heures et des points de concentration du marqueur apparaissent dans les cellules… Qu’est-ce que c’est que ça ? Clairement la plante n’est pas en forme, d’ailleurs, à y regarder de plus près, elle ne va pas bien du tout. Hum, et si ça venait du fait que je place mes plantes à l’obscurité (donc sans possibilité de photosynthèse) et dans l’eau (sans nutriments ou sucres). Bon, d’accord, je n’ai peut-être pas été une lumière jusque là, mes plantes sont clairement affamées, donc en situation de stress aggravé, surtout après plusieurs jours sous le microscope. Tout ça n’est pas de très bon augure pour mon travail.

Je ne me démonte pas et prépare une solution nutritive pour approvisionner les racines de mes petites plantes. Là, c’est l’histoire de la post-doc (j’avais précédemment écrit thésarde dans cette phrase ! Bonjour le lapsus dans une situation honteuse pour la chercheuse que je suis ! En gros, quand je me retrouve à apprendre des choses très basiques, et à ne pas m’en sortir, ça fait ressortir la thésarde junior mal à l’aise qui n’est pas bien loin…), c’est l’histoire de la post-doc, je disais donc, qui se bat pour préparer un milieu qu’elle n’a jamais fait avant, sans personne pour lui montrer. Un pHmètre, mmhhhh, mais comment ça marche déjà ? Bon, tout ça pour dire que j’ai plus ou moins réussi mon milieu (à quelques dixièmes de pH près), préparé quelques plantes et hop, sous le microscope.

24 heures après, ce matin donc, je me précipite sur mon ordinateur (la patience, ce n’est pas mon truc, je ne le dirai jamais assez). Les images sont belles mais on dirait bien des variations spatiales et temporelles… Flûte ! (dans ma tête, je n’ai pas vraiment dit ça, mais ça restera sous silence) Les données ne sont guère exploitables parce que la plante est morte peu de temps avant l’aube. Tout cela n’arrange pas mes affaires, et je me retrouve à devoir à nouveau améliorer mon protocole pour que mes plantes survivent et valider les résultats du contrôle.

Mon nouveau test est de placer la racine dans une solution nutritive, scotcher la feuille, et l’écraser avec douceur sous une lamelle (il faut vraiment que j’arrive à voir si les variations que j’observe sont dues aux mouvements de la feuille, donc pour ça, il n’y a pas 36 solutions, scouich sous une lamelle). Je dis en douceur parce que la lamelle repose sur une ou deux couches de micropore pour qu’elle n’écrase pas trop la feuille. Les premiers résultats demain ! (si la plante n’est pas morte d’ici là).

Et tout ça entre deux prélèvements pour ma manip d’enfer. Post-doc, il faut le vouloir quand même (je suis fatiguée, moi).

#15 - Et la suite ?

2009-03-31T08:12:00.000-07:00

Journée infernale.

Entre prélèvements toutes les deux heures, réunion avec le chef, bricolage, analyse de données, biblio, calibrage d’intensité lumineuse, oubli de plantes (elles sont restées une heure de trop à la lumière, oups !) et préparation de graines pour une autre manip, je n’ai pas le temps de m’ennuyer. Sauf que. J’ai besoin d’une multiprise et je ne sais pas où elles sont. Et il n’y a personne pour me renseigner.

Je suis bloquée devant mon ordinateur. Mon minuteur annonce 22 minutes avant le prochain prélèvement. Je n’ai plus qu’à bloguer, tiens (biblio ? Quelle biblio, vu la journée de fou, je m’accorde une pause, non mais).

Pour en revenir à ce qui nous intéresse vraiment, mon chef est très intéressé par les résultats obtenus au microscope. Même s’il ne faut pas s’emballer avant les résultats pour les vrais contrôles que je vais réaliser prochainement, le vrai problème est que ces études peuvent nous mener dans des domaines qui ne sont pas ceux de l’équipe : hormones, épigénétique (j’en connais une qui rigolerait bien si je devais me mettre à l’épigénétique !), photosynthèse, etc. La liste pourrait être longue. Cependant, il n’est pas du tout dans notre intérêt de nous disperser et de nous lancer tête baissée dans des directions où nous tâtonnerions dans l’inconnu. Bien sûr, je ne laisse pas tomber, tout cela est bien trop excitant pour ne pas essayer d’en savoir plus mais la prochaine étape sera probablement mûrement réfléchie.

#14 - Du nouveau sous le microscope

2009-03-30T02:48:00.000-07:00

Alors que je me prépare pour mon énorme manip de cette semaine (et en plus, j’avais tout bien organise pour ne pas partir trop tard tous les soirs, j’avais omis le changement d’heure du week-end, me voilà oblige de décaler mes journées, grrrr), j’ai réalisé un nouvel essai sous le microscope pour valider les observations préliminaires d’il y a 10 jours.

Jeudi, une première plante a été sortie de sa boite, scotchée sur la lame, avec sa racine flottant gaiement dans une solution contenant le marqueur. Au bout de 3 minutes dans cette situation, la déshydratation ultra rapide que j’observais m’indiquait que la plante n’était pas très heureuse de sa situation. Il faut la comprendre, je la sors d’un environnement moelleux, saturé d’humidité, dans des conditions constantes de lumière et de température, et hop, un gros coup d’air sec dans la tête. Mes observations indiquent que la plante met un certain temps à comprendre qu’elle peut pomper de l’eau depuis sa racine, et en l’occurrence, pour ce coup-ci, c’était franchement trop tard. Le point de non-retour avait été atteint.

Je ne me désespère pas pour autant, et je retente le coup. La mauvaise volonté de la plante précédente m’a fait perdre une heure d’observation mais c’est à ça que servent les études préliminaires, mettre au point le protocole. Je couvre donc la suivante d’un couvercle de boite pour lui permettre de s’accommoder à son environnement. Bon, dès que j’enlève le couvercle, elle commence à se déshydrater. C’est pas tout ça mais je n’ai pas que ça à faire, donc je lui force un peu la main et la mets sous le microscope, on verra bien si elle récupère.

Je reviens le lendemain matin pour m’apercevoir que la plante est en forme correcte (c’est déjà ça) mais que les images ne permettent aucune conclusion. Tout cela confirme que les premières 24 heures ne valent rien, il faut maintenir la plante en vie plus longtemps pour obtenir des images. Tant qu’à faire, je recharge la plante avec un shot de marqueur, et c’est parti !

Lundi matin… La plante est toujours en vie, je dirais même plus, elle pète la forme. Il reste suffisamment de solution aqueuse pour faire 3 ou 4 jours d’observation. On y est presque ! Les images confirment les observations précédentes. Ouf ! En fin de semaine, je lance le vrai contrôle, celui qui nous dira si on continue ou si on arrête tout. Pression, vous dites ?

#13 - En conférence

2009-03-27T08:09:00.000-07:00

Sans mentionner les réunions d’équipe, une proportion non négligeable de l’emploi du temps des chercheurs est occupée par des présentations ou des conférences. Ceci permet de se tenir au courant de ce que font les autres équipes, d’approfondir sa culture scientifique, de découvrir la tête d’un chercheur qu’on ne connaissait que de nom, ou d’agrandir son réseau (Networking, comme dirait ma chef). Mais surtout, surtout, les conférences sur plusieurs jours permettent de sortir et d’aller boire des verres avec les autres chercheurs de son rang. Par cela, j’entends que les chefs boivent des verres avec les chefs, les post-docs avec les post-docs, et les thésards avec les autres thésards ou les port-docs (parfois, thésard/post-doc, la frontière est fine). Dans ces moments sociaux non encombrés par les conjoint(e)s non chercheurs, les discussions sur les labos, les chefs ou certaines habitudes typiques des chercheurs, vont bon train.

Cette semaine, je suis donc partie trois jours dans une des villes les plus ennuyeuses du Royaume-Uni. Mais ce n’est pas vraiment grave parce que je n’en ai vu que l’hôtel et l’institut de recherche où avait lieu la conférence. Alors que les chefs partaient en ville pour boire des bières et parler de science, nous, les post-docs, nous retrouvions dans le pub au pied de l’hôtel pour se raconter des bêtises. J’ai pu donc découvrir que l’expérience extrêmement perturbatrice que j’ai vécue avec un ponte de la recherche en végétal (qui s’obstinait à parler de sushis alors que j’étais sensée lui présenter mon travail) était également arrivée à d’autres personnes (même chercheur, toujours des sushis, mais Chicago au lieu de Vancouver). Voilà des choses qui rapprochent, et rassurent !

Pour finir, une phrase de chercheur qui n’aura sûrement fait rire que nous. Alors que nous discutions de culture indienne, réincarnation, vies antérieures et postérieures, etc., et en pleine réflexion sur le fait qu’il valait mieux vivre une mauvaise vie pour se réincarner en ver de terre plutôt que de rester marié 7 vies à la même personne, mon collègue indien s’est exclamé que pour rien au monde il ne voulait se réincarner en C. elegans ! Ver modèle, ce n’est pas une vie !

#12 - De l'attente et de la patience

2009-03-20T02:46:00.001-07:00

En science, les pauses sont salutaires. Elles permettent de prendre du recul par rapport à des résultats ou des protocoles, prendre l’air, faire marcher le cerveau, et revenir tout neuf et tout frais aux manips.

Pour des raisons techniques (j’ai usé tout mon matériel végétal, il faut attendre que ça pousse), organisationnelles (je suis en congrès la semaine prochaine) et overbookationnelles (je gère deux autres projets en même temps), je ne prépare pas de suite immédiate au projet de microscopie. Pas avant 10 jours en tous cas. J’en profite pour laisser la partie de mon cerveau qui y est consacrée en roue libre, on verra bien ce que ça donne.

Pendant ce temps-là, je prépare une expérience qui est tellement lourde, qu’elle demande plus de temps de préparation que de temps de manipulation effective. 30 000 graines vont être utilisées, elles sont prêtes, dans leurs tubes en attente d’être préparées. Les centaines de boites de culture sont prêtes. J’utilise 4 conditions de croissance, les 4 chambres de culture sont réservées, filtres à lumière posés, intensité et température programmées. Le planning est imprimé. Il ne reste que l’attente. Tout commence dimanche.

#11 - Des hauts et des bas

2009-03-17T05:10:00.000-07:00

Mettre au point un protocole pour observer des cycles, c'est aussi avoir sa propre horloge circadienne de moral.

Lundi matin. Analyse des résultats du week-end. Epoustouflant. Les images sont magnifiques, même pour les parties de la feuille qui sont hors-focus. Un réseau lumineux qui se fait et se défait. On ne se lassait pas de regarder les images encore et encore.

Pour la suite, il faut vérifier que les résultats observés ne sont pas des artefacts, ce qui va me prendre du temps et m’obliger à torturer beaucoup de plantes. Mais ce n’est pas à l’ordre du jour immédiat, puisque mon autre projet va occuper tout mon temps pour les prochaines semaines. Ce qui ne m’empêchera surement pas de scotcher des feuilles de temps en temps ! Pas de doute, le moral est plus haut quand ça marche. Le cerveau est toujours hyperactif, bien sûr, mais dans le bon sens du terme.

Prochaine étape : les contrôles…

#10 - Choc des cultures

2009-03-15T09:53:00.000-07:00

Pour le projet de microscopie, je travaille en collaboration avec une Ecossaise, lab-manager de son état. Ayant débuté le même jour, notre expérience commune des débuts difficiles dans l'équipe a permis de créer des liens entre nous. Cependant, à mesure que je m'acclimate au travail dans mon laboratoire, à mesure que je pose mes marques, j'éprouve de plus en plus de difficultés à devoir me référer en permanence à une autre personne, surtout en période de doutes comme j'en rencontre actuellement. La journée de jeudi, en particulier, a mis notre collaboration à rude épreuve. Mais elle a surtout dévoilé les approches culturelles très différentes qui existent envers les situation de crise. En gros, j'ai fait ma Française, et j'ai pété un cable. J'ai grondé, râlé, boudé et j'ai fini par sortir de la pièce avant qu'on se lance dans une laborieuse discussion. Dans ces moments-là, il vaut mieux que je n'ai affaire à personne. Or, clairement, on est au Royaume-Uni, et ça ne marche pas comme ça. J'ai donc été harassée de sentiments de culpabilité toute la journée, poursuivie par des regards et des remarques lourds de sous-entendus. J'ai bien sûr fini par présenter mes excuses qui ont été très formellement acceptées. Beaucoup, beaucoup trop formel à mon goût, d'ailleurs. Il va falloir que je me surveille un maximum cette année parce que le moindre écart d'humeur ne m'est pas pardonné.

Mais revenons à nos plantules (pour changer... Je vous avais prévenus, je m'acharne). Un des derniers tests a été de voir si le fait de placer la feuille entre lame et lamelle inhibait la circulation dans les veines. En effet, dans le cas où notre marqueur se déplace avec la sève (ou même si seulement une partie du marqueur se déplace de cette façon), placer la feuille dans des conditions extrême d'humidité (et là, on est dans l'eau, donc on peut difficilement faire plus humide) empêche tout simplement la circulation mécanique de la sève depuis la racine vers la feuille, et donc empêche l'arrivée du marqueur vers la zone où on veut l'observer, ce qui est bien dommage.
Le test consistait donc de prendre une plantule non traitée, de placer la racine dans un bain remplie de marqueur, de fixer une feuille entre lame et lamelle et d'observer l'apparition du marqueur par des photos prises au cours de la nuit. Le résultat a été très marquant : en comparant la feuille placée sous la lamelle et une feuille laissée à l'air libre, nous avons pu observer une énorme différence, et pas dans le sens que nous voulions. En gros, la feuille placée sous la lamelle n'exprime clairement pas une physiologie que j'aimerais appeler normale. Et en conséquence, aucune étude n'est possible sur ce type préparation.

Retour à la case départ.

Actuellement, je teste donc un protocole où la feuille est à l'air libre mais littéralement scotchée à la lame. La plantule est hydratée par sa racine pour tenir le coup pendant des cinétiques allant jusqu'à 48h. Plusieurs problèmes se posent, cependant. Premièrement, scotcher la feuille à ses deux extrémités ne permet pas de l'aplatir de façon satisfaisant, ce qui limite les possibilités de mise au point pour le microscope. Ensuite, il est probable que la feuille va bouger pendant la cinétique, ce qui n'est pas acceptable. Enfin, ce protocole marche sur des plantules assez développées (et pourtant, c'est une galère noire à préparer, je peux vous le dire), mais il ne sera pas applicable sur des plantes très jeunes.
Une cinétique a été lancé au cours du week-end, la réponse lundi.

#9 - Coup de blues

2009-03-12T09:19:00.000-07:00

Aujourd’hui, je n’en peux plus.

Les essais répétitifs m’ont vidée. Trop d’énergie, d’espoirs, de hauts et de bas. Le moral est plus bas et la mauvaise humeur à fleur de peau. Il faudrait que j’arrête quelques temps, que je me consacre à mon autre projet. Pause bienfaisante. Seulement, la modération ne fait pas partie de mon caractère et c’est toujours quand je suis dos au mur, engloutie sous des tonnes de pensées négatives, que je m’acharne. Avec parfois des résultats positifs mais plus souvent, je cours au désastre, mental et physique.

Mais je n’ai pas versé une seule larme de la journée, c’est déjà ça !

#8 - Y aurait-il de la lumière au fond du tunnel ?

2009-03-11T08:24:00.000-07:00

Ce matin, inspection des plantes torturées la veille au soir. Et là, miracle de la nature, elles ont tenu bon ! Non seulement, les feuilles ne sont pas complètement imbibées d’eau, mais les résultats d’imagerie sont également plutôt bons.

Ne nous emballons pas non plus, il reste un grand nombre de points à tester sur des cinétiques plus longues et avec différents marqueurs. Mais le résultat est bel et bien là, devant mes yeux ébahis. A moi les belles images !

#7 - On persévère !

2009-03-10T11:32:00.000-07:00

Suite au fiasco d’hier, je préfère ne pas prévoir de m’activer les dix doigts à la paillasse aujourd’hui. Le cerveau, lui, est en ébullition. Je n’ai plus connu ça depuis plusieurs mois. C’est comme un ami un peu casse-pied qu’on aime bien revoir de temps en temps, content de le voir les premières heures puis franchement éreinté par la suite.

Et puis, je n’ai pas résisté à l’appel. Une nouvelle idée qui germe, qui sort de terre et pointe son petit nez dans un coin de ma tête. Comme une enfant, je me suis approchée de ma paillasse, l’œil malicieux, en cachette, pour ne pas subir les moqueries de mes camarades. Le test préliminaire est en cours. La plante n’est plus noyée dans de l’eau, juste une de ses feuilles, tandis que le reste se balance gaiement à l’air libre. Bien sûr, j’impose encore un stress sur une des parties de la plantule, mais finalement, le chef a dit Si tu me prouves que le mécanisme observé n’est pas affecté par le stress, je te laisse continuer. Le défi est lancé !

#6 - Ne pas déranger, cerveau en suractivité

2009-03-09T10:35:00.000-07:00

Un des avantages à avoir un chef qui est en permanence en voyage, c’est qu’on ne l’a pas en permanence sur le dos. Le revers de la médaille en est que les rares réunions de 30 minutes parsemées ici et là au cours des mois sont loin d’être suffisantes pour parcourir les nombreuses questions.

Aujourd’hui, j’ai cependant eu l’occasion de soumettre les résultats préliminaires des protocoles d’observation. La sentence − attendue, il faut bien le reconnaître − est tombée. La plante est anoxique, il n’y a aucun moyen d’exploiter les résultats ou de continuer dans cette voie.

Bon.

Le propre du chercheur, et j’ai pu l’expérimenter (sans mauvais jeu de mot) bien des fois au cours de ma thèse, c’est qu’il rebondit toujours après des déceptions comme celle-ci. Ma foi, si nous ne pouvions pas nous remettre d’échecs cuisants, nous nous serions arrêtés au premier mois de stage en laboratoire ! Comme toujours, donc, mon cerveau travaille actuellement avec 1500 idées par seconde pour trouver une solution. Et pour la suite, comme au loto, il y en a une, voire plusieurs, qui vont sortir du lot, de façon aléatoire ou non, allez savoir.

Demain est un autre jour.

#5 - c'est dimanche

2009-03-08T07:23:00.000-07:00

Aujourd’hui, c’est dimanche. Journée de la femme qui plus est. Alors pour fêter ça, je travaille.

Au cours de ma thèse, je me serais coupée un bras plutôt que d’aller travailler au labo. Cependant, travaillant sur des cinétiques et sur des protocoles qui ne supportent aucune variation, j’ai dû revoir mes positions. Et finalement, j’aime bien venir travailler le week-end. C’est très calme, je peux travailler à mon rythme, sans personne pour me juger ; je peux également lire mes blogs, et écrire des billets sans aucun remord (Remarquez, le reste de la semaine, c’est pas les remords qui m’étouffent en ce qui concerne la lecture de blog !).
Cinétique et culture in vitro, donc.

J’en ai profité pour jeter un coup d’œil aux résultats de la cinétique sur microscope. D’ailleurs, à ce sujet, j’avoue que je ne suis pas la plus patiente des scientifiques et il m’est arrivé souvent d’analyser de façon préliminaire des résultats complètement tronqués parce qu’il m’est impossible d’attendre sagement qu’une manip soit finie ! Mais revenons à nos moutons. Pour ce coup-là, j’avais bien le droit de regarder les résultats puisque la manip était bel et bien finie, la plante étant complètement desséchée sous sa lamelle (note pour moi-même : pas de cinétique de ce type pendant plus de 24h sans surveillance, ça se dessèche comme les personnages d’Ubik – bah oui, quoi, j’ai lu mon premier K. Dick y a pas longtemps…). Bon, on dirait que ça a marché mais le signal est tellement faible qu’il est difficile d’en conclure grand-chose (même si j’ai les yeux de la foi).
Maintenant que nous arrivons à maintenir la plante en vie (je mets en italique parce qu’il reste encore à prouver que dans une telle situation, on peut considérer que la plantule pète la forme), il va falloir trouver un moyen pour maintenir notre marqueur dans l’organisme pendant suffisamment longtemps, sans qu’il soit en excès non plus. Jusqu’à présent, je me basais sur l’hypothèse que la quantité initiale de marqueur dans la plantule quand on la plaçait sur la lame était suffisante pour une cinétique sur plusieurs heures. Mais les derniers résultats me suggèrent que ce n’est pas le cas. Il faut reconnaître que la quantité de matière fraîche sur une plante de 6 jours, voire 9, c’est pas grand-chose. En conséquence, la quantité de marqueur diminue probablement très vite et on peut toujours se gratter pour voir quelque chose.

Ça tombe bien, j’ai tout mon dimanche pour y réfléchir… J’aurai bien trouvé quelque chose dans les prochaines jours…

#4 - De l'influence de l'observateur

2009-03-06T04:05:00.000-08:00

Le résultat de la manip précédente, c’est que d’une part, on n’a pas noyé le microscope et d’autre part, que ça n’a pas marché parce que l’échantillon s’est asséché malgré nos efforts. Bon, une nouvelle journée de perdue.

Comme demain est un autre jour, on a réessayé avec une autre tactique. Et là, on a effectivement noyé le microscope. Pas bon la nouvelle tactique.

Et puis hier matin, au milieu de la panique pour sauver le matériel (le microscope et la plantule qui se noyait consciencieusement dans plusieurs ml d’eau dans un coin), j’ai trouvé la solution. Croyez moi si je vous le dis, je ne suis pas du matin, alors mon éclair de génie est d’autant plus remarquable pour ma personne ! Résultat : on maintient la plantule hydratée pendant 48 heures entre lame et lamelle.

Alors pour tester le nouveau protocole, on a regardé la tête de la plante, comme ça, l’air de rien au cours du temps. Et bien, elle est pas belle à voir. Faut reconnaître que tout organisme un rien pluricellulaire, si on le met en 2D comme ça, il doit pas être super heureux, même hydraté… Du coup, la principale question qui se pose à nous est de savoir à quel point la situation de stress du sujet modifie les mécanismes étudiés. A quel point peut-on accorder notre confiance à ces résultats obtenus sous la torture ? Cette question rejoint le débat sur l’influence de l’observateur sur l’objet observé. Pour être tout à fait honnête, je n’ai pas de réponse à cette question, en tout cas en ce qui me concerne. Alors, je vais juste continuer à mettre au point mon protocole, faire les plus belles images possibles. On réfléchira après.

#3 - Bricolages et coloriages

2009-03-03T10:29:00.000-08:00

Faire un post-doc (mais ça vaut aussi pour le thésard) nécessite des capacités manuelles et créatives qu’on ne soupçonnerait pas forcément, et parfois il faut reconnaître que le cerveau ne suit pas. En gros, c’est atelier maternelle au labo.

Pour exemple, j’ai plus ou moins passé ma journée à faire du bricolage, suite à manque flagrant de réflexion.

Résumons la situation :

L’idée est de réaliser une cinétique en image au microscope sur des plantules très jeunes. Jusque là, ça va. Pour pouvoir faire un suivi sur plusieurs heures (voire 24 heures, c’est notre objectif), il faut que la plantule ne meure pas et ne bouge pas. Pour que l’image soit dans un seul plan, il faut que la plantule soit écrasée entre une lame et lamelle. Tout ceci paraîtra d’une évidence enfantine à toute personne ayant déjà réalisé des images sous microscope. Or, on a beau mettre de l’eau autour de la plantule, qui déjà ne pète pas le feu, ça s’évapore assez vite et ça déshydrate notre sujet d’étude. La solution qui se présentait donc à nous était de réapprovisionner en eau la pauvrette aussi souvent qu’il le fallait (toutes les 30 minutes pendant 12h, mouais, sympa…). Seulement voilà, si la science était aussi facile, ça ne serait pas aussi rigolo. Et après avoir observé notre plante se dégrader sévèrement d’heures en heures, nous avons réalisé qu’elle avait subi un traitement un peu particulier la veille… Des trous… Partout… Forcément, pour résister à un stress hydrique, c’est pas le top…

Je vous passe les détails, mais cette expérience s’est tout bêtement transformée en atelier bricolage pour maintenir la plantule en vie. Ce qui en pratique, signifie un approvisionnement continu en eau pour le sujet d’étude coincée entre une lame et une lamelle. Le montage réalisé permet en théorie de maintenir une humidité constante sous la lamelle et en pratique risque d’inonder le microscope qui coûte une fortune.

Résultat demain matin…

#2 - La post-doc qui se traine un certain nombre de boulets

2009-03-02T07:39:00.000-08:00

Une fois que la thèse est finie, on pourrait croire que commencer un post-doc permet de mettre cette partie de sa vie derrière soi. Grossière erreur, petit padawan ! Bon, ok, je m’en doutais un chouia mais j’ai toujours l’impression de me traîner un boulet qui s’appesantit de jour en jour.

Aujourd’hui, j’ai sacrifié une journée de manips pour finir le travail sur le premier papier de ma thèse, juste avant sa re-soumission (déjà soumis en octobre, ce papier…) demain. Enfin, ça, c’était ce matin. L’après-midi est consacrée à un autre papier, celui dont je ne dois pas prononcer le nom, parce que c’est trop la honte. Je me suis engagée à l’écrire, ce foutu papier, et je n’avance pas d’une seule ligne depuis deux mois. Date limite : mi-mars.

Et c’est sans parler du troisième papier, celui dont je ne peux même pas regarder le fichier sur mon ordinateur sans trembler tellement j’ai du retard sur son écriture.

Je travaille bien sous la pression, je le sais, mais là, je me suis peut-être fixée des objectifs complètement inatteignables, juste pour voir de quoi j’étais capable. Et pendant ce temps-là, y a mes neurones consacrés au post-doc qui crient famine en attendant que je vienne les nourrir…

#1

2009-02-25T03:36:00.000-08:00

On peut dire de certains métiers qu’ils reflètent parfaitement les états d’esprit de ceux qui les pratiquent. Pour ma part, je travaille désormais sur ces cycles qui rythment nos journées : de la lumière à l’obscurité. Pouvais-je imaginer un sujet plus adapté aux hauts et bas du quotidien de la recherche ?

Après une thèse bouclée en trois ans (c’est que je n’ai pas que ça à faire, non mais), me voici donc à la tâche sur un projet qui me tient à cœur. Et j’ai pour ambition de me servir de cet outil bloguesque comme carnet de bord aussi régulièrement avec plusieurs objectifs :

Garder une trace de ces années de recherche post-doctorale au jour le jour pour pouvoir me dire dans quelques temps « qu’est-ce que j’étais allée faire dans cette galère ! »

Une démarche à but purement sociologique pour ceux des sciences dures qui s’obstinent à dire qu’ils comprennent les chercheurs de l’extérieur

Une petite note pour tous les autres post-docs qui triment dans le monde : on est tous dans la même galère ! Youhou !

C'est parti pour au moins un ans de combat quotidien !